15 czerwca na Litwę wkroczyła Armia Czerwona, ustanawiając także tam władzę sowiecką. 17 czerwca Francja poprosiła o rozejm, grzebiąc nadzieje Polaków na rychłą klęskę Niemiec. W drugiej połowie czerwca przybyły też z Warszawy dyrektywy Komendanta Głównego ZWZ dla konspiracji wileńskiej. Ten zbieg trzech ważnych wydarzeń zmienił dotychczasowe oblicze organizacji.
Nowe warunki, wytrwała praca
Wkroczenie Sowietów automatycznie zezwoliło całości wileńskiej konspiracji na prowadzenie szerokiej działalności zbrojnej i ułatwiło jednolite dowodzenie całym podległym obszarem, dotychczas rozdzielonym pomiędzy dwie okupacje. Klęska Francji przekreśliła jednak plany szybkiego powstania.
Według nowych rozkazów kategorycznie nakazano ograniczyć rozmiary konspiracji. Dyrektywy polecały zachować szkielet organizacji, z resztą członków zachowując kontakt, aby mieć ich w odpowiednim momencie zmobilizować. Na ograniczanie działalności wpływała także polityka okupanta. Ziemie świeżo wcielone potraktował on z jednakową bezwzględnością, jak przedtem tzw. Zachodnią Białoruś. Terror psychiczny i fizyczny, masowe rekrutowanie agentury, ograniczanie wszelkich swobód, hamowały dalszy rozwój konspiracji. Nastąpił okres pewnej stagnacji liczebności podziemia.
Dalej jednak zdobywano broń, rejestrowano konie, magazynowano materiały wojskowe, prowadzono szkolenie strzeleckie. Broń i amunicję częściowo zdobywano podczas dość rzadkich akcji rozbrajania żołnierzy sowieckich. Wykradano ją także z magazynów i transportów wojskowych. Prowadzono działalność wywiadowczą. Przygotowywano patrole dywersyjne. Zorganizowano zresztą kilka akcji dywersyjnych. M.in. zniszczono konwój samochodowy, organizowano sabotaże z zakładach pracy, niszczono tabor kolejowy. Akcji dywersyjnej na szerszą skalę jednak nie podjęto.
Ważnym zadaniem było utworzenie i utrzymywanie w stanie czynnym sieci łączności i kolportażu. Kolportowano prasę podziemną – „Polskę w Walce” i „Jutro Polski”. Funkcjonowało tajne szkolnictwo wszystkich szczebli, działały nawet tajne kursy na Uniwersytecie Stefana Batorego. Opracowywano też plany mobilizacji siatki konspiracyjnej na wypadek powstania zbrojnego, przygotowywano plany zdobycia najważniejszych budynków. Praca prowadzona była na bieżąco. Chodziło o aktualizowanie informacji: w jakim stopniu obiekt jest zmilitaryzowany, jak najlepiej w danym momencie przeprowadzić ewentualny atak.
Pod koniec 1940 roku sygnalizowano liczebność około 2000 konspiratorów w mieście. Dużym oddźwiękiem odbiła się spektakularna akcja przeprowadzona z okazji Święta Niepodległości 1940 roku. Rozlepiono wtedy okolicznościowe ulotki i wywieszono polskie flagi w różnych punktach miasta.
W tym okresie rozszerzył się też znacznie zasięg działalności Okręgu Wileńskiego. Obejmował już nie tylko Wileńszczyznę, lecz także wspomagał Nowogródczyznę, a także Litwę kowieńską. Utworzony tam został Podokręg Kowieński, mający swój odrębny sztab i siatkę organizacyjną. Jego komendantem został Zbigniew Jentys "Habdank". Organizacyjnie wszedł on w skład Okręgu Wileńskiego jako obwód.
Znaczne zmiany zaszły także w organizacji „Dworu”. Na początku lipca utworzono Komendę Miasta, która przejęła zadanie koordynacji działalności wszystkich organizacji konspiracyjnych w Wilnie. Pierwszym Komendantem Miasta mianowany został kpt. Karol Zieliński „Brzoza”. Kontakt z poszczególnymi organizacjami Komendant Miasta utrzymywał poprzez sieć łączności. Każda z grup podległych Komendzie miała obowiązek składać co pewien okres w tzw. „składnicy” meldunek, dotyczący jej działalności. Komendant natomiast mógł nawiązać kontakt poprzez łączników i komendantów poszczególnych grup podczas odpraw. Pod koniec 1940 roku sygnalizowano liczebność około 2000 konspiratorów w mieście.
Dużym oddźwiękiem odbiła się spektakularna akcja przeprowadzona z okazji Święta Niepodległości 1940 roku. Rozlepiono wtedy okolicznościowe ulotki i wywieszono polskie flagi w różnych punktach miasta. Bardzo widoczna, zrobiła wielkie wrażenie na mieszkańcach Wilna, przytłoczonych wszechobecną propagandą komunistyczną. W kwietniu - maju 1941 r. przeprowadzono także akcję zabezpieczenia najbardziej wartościowych dokumentów w archiwach wileńskich, uniemożliwiając wywiezienie ich głąb Związku Sowieckiego.
Utworzono także z żołnierzy organizacji miejskich, specjalny oddział nazwany „Egzekutywą”, dowodzony przez kpt. Aleksandra Piotrowskiego. Przeznaczony został do wykonywania wyroków na najbardziej niebezpiecznych agentach i pracownikach NKWD. Wyroki wydawał Sąd Kapturowy przy Komendancie Okręgu ZWZ. Sąd ten składał się z zaufanych prawników wileńskich. Przewodniczył mu początkowo mec. Jan Wiścicki, a od połowy kwietnia 1941 r. – mec. Stanisław Ochocki „Justyn”. Wyroki zatwierdzał Komendant Okręgu.
Ciężkie ciosy
Działalność kontrwywiadowcza nie wstrzymała jednak uderzenia NKWD. Najcięższe ciosy spadły na organizację podczas Wielkiego Tygodnia. W nocy z 10 na 11 kwietnia 1941 roku aresztowano większość oficerów Komendy Okręgu i Komendy Miasta. 13 kwietnia aresztowano Komendanta Okręgu ppłk. Nikodema Sulika „Ładynę”. Aresztowania, bardzo bolesne dla kierownictwa konspiracji, nie objęły jednak reszty siatki, która pozostała praktycznie nienaruszona. Pozwoliło to na w miarę szybkie podjęcie dalszej działalności. Ciosy, które spadły na wileńskie ZWZ, wstrzymały jednak wszelką pracę organizacyjną. Dopiero po 18 maja rozpoczęto ponowne uruchamianie siatki konspiracyjnej. Komendę Okręgu objął dotychczasowy zastępca komendanta mjr Aleksander Krzyżanowski „Wesołowski”.
Okres od kwietnia do połowy czerwca 1941 r. charakteryzuje się częściowym sparaliżowaniem działalności całej konspiracji wileńskiej. Zawieszono wszelkie akcje i zarządzono wejście do głębokiego podziemia. Obowiązywała zdwojona czujność. Osoby zagrożone aresztowaniem dostały rozkaz schronienia się w terenie. Próbowano jednocześnie nawiązać utraconą łączność i odbudowywano porwane struktury organizacyjne.
Stan ten trwał do połowy czerwca. Wtedy to zaczęły się w Wilnie masowe aresztowania i deportacje. Odbywały się według wcześniej przygotowanych list i objęły przede wszystkim inteligencję, duchowieństwo i warstwę zamożną. Aresztowania trwały aż do wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej 22 czerwca 1941 roku. Przez ponad tydzień działalność wileńskiej konspiracji była sparaliżowana. Większość konspiratorów, m.in. nowa obsada Komendy Okręgu, musiała uciekać z miasta. Jednak po wejściu Niemców organizacja błyskawicznie się odbudowała, stając się jedną z najsilniejszych w Polskim Państwie Podziemnym.
