W przedwojennej strukturze organizacyjnej Wojska Polskiego dowództwa okręgu korpusu pełniły jedynie funkcje administracyjne. W ramach przygotowań do wojny przypadło im w udziale formowanie batalionów marszowych z uzupełnieniami dla walczących jednostek.
Po ataku Niemiec na Polskę 1 września 1939 r. Dowództwo Okręgu Korpusu nr IX znalazło się na głębokich tyłach obrony. Zgodnie z pierwotnym przeznaczeniem zajęło się przeprowadzeniem mobilizacji powszechnej. Na terenie administrowanym przez gen. Franciszka Kleeberga znajdowały się macierzyste garnizony trzech dywizji piechoty, Flotylli Rzecznej i kilku mniejszych jednostek innych rodzajów broni, a także ich Ośrodki Zapasowe.
Wojska obrony Polesia
9 września pękła polska obrona nad Narwią. W tej sytuacji Naczelny Wódz nakazał przekształcenie DOK IX w dowództwo operacyjne, które miało w trybie natychmiastowym przygotować obronę Polesia od północy.
Improwizowane Zgrupowanie „Brześć” broniło od 14 do 16 września Twierdzy Brzeskiej, po czym wycofało się przez Terespol na wschód. Podobnie improwizowane Zgrupowanie „Kobryń” broniło przedpola tej miejscowości do 18 września.
Płk. Franciszka Kleeberga (w środku) w towarzystwie komendanta Wyższej Szkoły Wojennej, płk Louis Faury (z lewej) i mjr. Pilleganda (stoi z prawej), 1926 r. Fot. NAC
Generał brygady Franciszek Kleeberg oddaje honorowy strzał z karabinka sportowego - lata 30. Fot. NAC
Po agresji sowieckiej do Kleeberga dotarł rozkaz Naczelnego Wodza mówiący o przekroczeniu granic neutralnych sąsiadów: Rumunii i Węgier. W tej sytuacji generał zdecydował się ściągnąć wszystkie swoje siły w rejon Kowla i stamtąd przebijać się do Rumunii.
Kiedy 22 września otrzymał informację, że Naczelny Wódz opuścił terytorium Polski i został internowany, postanowił pomaszerować na pomoc obrońcom Warszawy. Po drodze, 26 września, podporządkował sobie zgrupowanie płk. Ottokara Brzozy-Brzeziny. Dzień później kolumny wojska przekroczyły Bug pod Włodawą entuzjastycznie witane przez miejscową ludność przekonaną, że to początek polskiej kontrofensywy. 28 września Kleebergowi podporządkowała się Dywizja Kawalerii „Zaza”.
Samodzielna Grupa Operacyjna „Polesie”
Po zachodniej stronie Bugu generał Kleeberg postanowił przeorganizować luźną zbieraninę improwizowanych oddziałów i zgrupowań w regularną grupę operacyjną, w sile około 20 tys. żołnierzy. A ponieważ nie miał łączności z wyższym dowództwem, grupa miała być samodzielna. Zachowano także pierwotną nazwę terytorialną i tak powstała SGO „Polesie”.
Dla zrealizowania ambitnego zamiaru odblokowania oblężonej stolicy brakowało Polakom amunicji. Dlatego Kleeberg postanowił zboczyć z głównego kierunku uderzenia i pomaszerował do Stawów. W tamtejszej Głównej Składnicy Uzbrojenia zamierzał zaopatrzyć się w większą liczbę pocisków artyleryjskich i naboi karabinowych. Jednak zanim do tego doszło, 28 września dotarła do SGO „Polesie” informacja o kapitulacji Warszawy. Zniknął cel marszu. Pozostała natomiast wola walki.
Ostatni rozkaz gen. Franciszka Kleeberga do żołnierzy SGO „Polesie”. Dokument ze zbiorów Archiwum Akt Nowych
Po raz kolejny zmieniono kierunek. Tym razem planowano przebicie się do dużych kompleksów leśnych w rejonie Gór Świętokrzyskich i przejście do partyzantki.
Sytuacja Grupy pogorszyła się, gdy 29 września dogoniły ją nadchodzące od wschodu jednostki sowieckie. Zatrzymano ich marsz pod Jabłoniem i Milanowem, ale od zachodu podchodził do tego rejonu niemiecki XIV Korpus Zmotoryzowany. Przez kilka dni toczono walki z Niemcami w rejonie Kocka i Woli Gułowskiej. Tam 60. Dywizja Piechoty przełamała obronę niemieckiej 13. Dywizji Piechoty Zmotoryzowanej, wcześniej oskrzydlonej przez kawalerzystów „Zazy”.
Niestety to był ostatni sukces. Wyczerpała się amunicja artyleryjska. Nie było środków opatrunkowych dla setek rannych. 5 października gen. Kleeberg zdecydował się skapitulować przed Niemcami. Następnego dnia wojsko złożyło broń.
