Litwini dążyli do utworzenia niezależnego państwa, w którego obrębie miały znaleźć się ziemie dawnego Wielkiego Księstwa Litewskiego (w tym Suwalszczyzna i Wileńszczyzna). Polska natomiast, powołując się na historyczne zaszłości, pragnęła ścisłej unii obu państw. Sytuację komplikowała przeciągająca się obecność na terenach północno-wschodnich okupacyjnych oddziałów niemieckiej Armii „Wschód”. Niemcy z rozmysłem nie przestrzegali postanowień rozejmowych, nakazujących im opuszczenie obszarów zdobytych w czasie działań wojennych.
Podobnie jak w innych miastach Polski w listopadzie w Suwałkach powstała Tymczasowa Rada Obywatelska Okręgu Suwalskiego, której zamiarem było stopniowe przejmowanie Suwalszczyzny w drodze pokojowych negocjacji z Niemcami. Rada stała się najwyższym organem władz polskich na tym terenie, akceptowanym przez niemieckie władze okupacyjne. Swoim zasięgiem obejmowała część powiatu suwalskiego (bez gmin, w których przeważała ludność litewska), fragment powiatu augustowskiego oraz czasowo część gmin Wisztyniec (dawny powiat wiłkowyski) i Lubowo (dawny powiat kalwaryjski). Ponadto przedstawiciele Rady, choć z trudem, utrzymywali także kontrolę nad gminami podgrodzieńskimi.
Litwini dążyli do utworzenia niezależnego państwa, w którego obrębie miały znaleźć się ziemie dawnego Wielkiego Księstwa Litewskiego (w tym Suwalszczyzna i Wileńszczyzna). Polska natomiast, powołując się na historyczne zaszłości, pragnęła ścisłej unii obu państw.
Na początku grudnia w Sejnach została utworzona Powiatowa Rada Obywatelska, która miała być najwyższą władzą cywilną w powiecie sejneńskim. Objęła ona swoją działalnością zachodnie gminy powiatu. Na tych terenach tworzono urzędy gminne (wybrano wójtów i sołtysów) i władze samorządowe, a także powołano uzbrojoną milicję i żandarmerię wojskową. Większość wsi zamieszkanych przez Litwinów podporządkowała się administracji litewskiej, tj. władzom gminy litewskiej w Puńsku i komitetowi w Sejnach. Z kolei ludność polska z rejonu Wisztyńca i Lubowa uznawała władze polskie.
Na terenach tych trwała okupacja niemiecka pod pozorem utrzymywania wojsk na wypadek wojny z bolszewikami. W styczniu 1919 r. wycofano część zdemoralizowanych oddziałów, zastępując je korpusami ochotniczym (Freikorps). Z początkiem 1919 r. władze niemieckie wyraźnie jednak zaostrzyły swoją politykę w stosunku do polskiego samorządu, otwarcie wspierając litewskie roszczenia terytorialne. Dzięki temu Litwini usunęli z Sejn polskiego naczelnika i 15 stycznia powołali Litewski Komitet Powiatowy, który kontrolował cały powiat sejneński oraz północno-wschodnią część powiatu suwalskiego wraz z Puńskiem. W styczniu 1919 r. został utworzony litewski oddział milicji, który został uzbrojony w broń odkupioną od Niemców. Aby wymusić wykonywanie poleceń władz litewskich, milicja aresztowała kilku polskich urzędników i usiłowała zastraszyć pozostałych. Pod koniec marca szef niemieckiego zarządu w Suwałkach poinformował przedstawicieli Rady o przekazaniu Suwałk i m.in. powiatu suwalskiego i augustowskiego Litewskiej Radzie Państwowej (Taryba), która została uznana przez władze niemieckie za suwerenną władzę na terenie byłego gubernatorstwa litewskiego. Z początkiem maja do Suwałk wkroczyły oddziały litewskie, a na początku lipca przybyli pierwsi urzędnicy litewscy, którzy usiłowali przejąć administrację powiatu i tworzyć własne instytucje.
Tymczasem Wileńszczyzna i Wilno w połowie grudnia 1918 r. zostały zajęte przez wojska bolszewickie, gdyż Rosja uznała postanowienia traktatu brzeskiego za nieobowiązujące. Wprawdzie na początku stycznia 1919 r. polskie oddziały Samoobrony Litwy i Białorusi gen. Władysława Wejtki opanowały Wilno, ale po kilku dniach musiały się wycofać w kierunku na Grodno i Łapy. W Wilnie proklamowano utworzenie Litewskiej Rady Komisarzy Ludowych, a 27 lutego powołano Litewsko-Białoruską Socjalistyczną Republikę Rad. Władze polskie, przygotowując się do ofensywy w kierunku Wilna, na początku lutego podpisały umowę z niemieckim zarządem o przemarszu wojsk polskich na Wileńszczyznę i Białoruś przez tereny okupowane. W połowie lutego oddziały polskie podjęły działania na Wschodzie, nawiązując styczność z Armią Czerwoną. W marcu zdołano zająć Pińsk, a 19 kwietnia, dzięki śmiałemu wypadowi, zdobyto Wilno i odepchnięto bolszewików na wschód. Natarcie wojsk polskich dotarło do Nowogródka i Baranowicz.
Pod wpływem skarg i protestów litewskich 26 lipca Rada Najwyższa państw Ententy zatwierdziła projekt rozgraniczenia Polski i Litwy wzdłuż tzw. linii Focha, dzielącej Suwalszczyznę według zasady etnicznej z pozostawieniem Wilna i Wileńszczyzny po stronie polskiej.
Po zajęciu Wilna w mieście odbyła się defilada wojskowa oraz uroczyste dziękczynienie w Ostrej Bramie z udziałem Józefa Piłsudskiego. Naczelnik Państwa 22 kwietnia wydał odezwę do mieszkańców byłego Wielkiego Księstwa Litewskiego, w którym deklarował samostanowienie wszystkich narodów Rzeczypospolitej. Odezwa została przyjęta biernie przez Białorusinów i niechętnie przez Litwinów, a rząd litewski w Kownie zdecydowanie zaprotestował. Orędzie wywołało także ostre ataki zwolenników prawicy w kraju (m.in. w sejmie), domagających się włączenia Wileńszczyzny w skład państwa polskiego.
W lipcu 1919 r. front północno-wschodni zatrzymał się na linii: jezioro Narocz–Baranowicze–Pińsk. Na zajętych terenach nie ustanowiono władzy wojskowej, lecz tymczasowy zarząd cywilny, aby zaakcentować zasadę samostanowienia ludności miejscowej. Fakt zajęcia Wilna wywołał ostry sprzeciw rządu litewskiego urzędującego w Kownie, który uznawał miasto za stolicę państwa. Pod wpływem skarg i protestów litewskich 26 lipca Rada Najwyższa państw Ententy zatwierdziła projekt rozgraniczenia Polski i Litwy wzdłuż tzw. linii Focha, dzielącej Suwalszczyznę według zasady etnicznej z pozostawieniem Wilna i Wileńszczyzny po stronie polskiej.
Zmiany te zbiegły się w czasie z początkiem stopniowego wycofywania się wojsk niemieckich: 25 lipca opuściły Augustów, a 28 lipca Suwałki. Zapowiedź wyjścia Niemców pobudziła ludność polską do działań mających na celu przyłączenie Suwalszczyzny do państwa polskiego oraz uwolnienie powiatu sejneńskiego od okupacji litewskiej. Litwini, zdając sobie sprawę ze swoich możliwości, pozbawieni wsparcia ze strony wojsk niemieckich zdecydowali się na ograniczenie pretensji terytorialnych na Suwalszczyźnie. 7 sierpnia administracja i wojska litewskie opuściły Suwałki, umacniając się jednak na linii rzeki Czarnej Hańczy oraz przesmyku jezior Pierty i Wigry z zamiarem utrzymania powiatu sejneńskiego, także z jej zachodnią częścią zamieszkaną w większości przez Polaków. 10 sierpnia oddziały niemieckie opuściły Sejny, w których pozostały oddziały litewskie. W Augustowie trwały ostatnie negocjacje z Niemcami w sprawie ewakuacji ich oddziałów. Ostatecznie rankiem 23 sierpnia ostatni żołnierze niemieccy opuścili Suwałki. Następnego dnia do miasta wkroczyły oddziały 41. Suwalskiego Pułku Piechoty.
Zajęta przez oddziały polskie linia została ponownie potwierdzona 8 grudnia 1919 r. przez Radę Najwyższą państw Ententy jako północny odcinek granicy terenu bezspornie przyznanego Polsce.
Litwini nie rezygnowali z północnej części powiatu suwalskiego, gdzie m.in. w Wiżajnach i Andrzejewie przystąpili do likwidacji polskich instytucji. Stan okupacji litewskiej budził zaniepokojenie wśród mieszkających tam Polaków, zwłaszcza że Litwini zamierzali przejąć całą administrację wojskową i cywilną. Z nastrojów ludności doskonale zdawało sobie sprawę kierownictwo Suwalskiego Okręgu Polskiej Organizacji Wojskowej (POW), które postanowiło wykorzystać je w antylitewskiej akcji zbrojnej. 16 sierpnia zapadła decyzja o wybuchu powstania sejneńskiego, którego celem było odzyskanie Sejn i obszaru do wyznaczonej linii Focha. Jako termin jego rozpoczęcia wybrano noc z 22 na 23 sierpnia. W wyniku działań powstańczych, prowadzonych w dniach 23–28 sierpnia przez oddziały POW wsparte przez II batalion 41. Suwalskiego Pułku Piechoty, wojska litewskie zostały wyparte z rejonu Sejn. Do 9 września oddziały polskie wyparły Litwinów za linię Focha.
Zajęta przez oddziały polskie linia została ponownie potwierdzona 8 grudnia 1919 r. przez Radę Najwyższą państw Ententy jako północny odcinek granicy terenu bezspornie przyznanego Polsce. Należy w tym miejscu przypomnieć, że na skutek zdecydowanego stanowiska polskich mieszkańców Wisztyńca i Lubowa oraz pobliskich im okolic, na podstawie polsko-litewskich ustaleń w Czerwonce (6 września), od września 1919 do lipca 1920 r. obie miejscowości należały do Polski i administracyjnie przydzielone były do powiatu suwalskiego Latem 1920 r. ruszyła ofensywa Armii Czerwonej, zmuszając oddziały polskie do wycofania się. W lipcu 1920 r. na podstawie postanowień rosyjsko-litewskiego traktatu pokojowego zawartego w Moskwie Wileńszczyzna i Grodzieńszczyzna miały zostać przekazane Litwie. Ponadto, wobec odwrotu wojsk polskich, Litwini naruszając zasadę neutralności, wkroczyli na opuszczoną Suwalszczyznę: 19 lipca zajęli Sejny, 29 lipca zagarnęli Augustów, a wieczorem 30 lipca wkroczyli do Suwałk. Na zajętych terenach ogłosili stan wojenny. Na Sejneńszczyźnie zlikwidowali polski samorząd i powołali własną administrację oraz policję. W powiecie suwalskim czuli się mniej pewnie, zwłaszcza że zastali tu prężnie działające polskie instytucje, tj. Radę Ludową Okręgu i Komisariat Ludowy Powiatu Suwalskiego. Władze litewskie początkowo tolerowały ich działalność, jednak kolejne zarządzenia miały na celu jej ograniczenie.
W lipcu 1920 r. na podstawie postanowień rosyjsko-litewskiego traktatu pokojowego zawartego w Moskwie Wileńszczyzna i Grodzieńszczyzna miały zostać przekazane Litwie.
Na zajętym terenie został ogłoszony stan wojenny, godzina policyjna oraz zakaz zgromadzeń i zebrań. Działania polskich instytucji były ignorowane, a ostatecznie 18 sierpnia wszystkie polskie urzędy w mieście zostały zamknięte. Delegaci Rady Ludowej dowiedzieli się w Kownie, że Okręg Suwalski został włączony do państwa litewskiego. Litwini, nawet po zwycięstwie wojsk polskich w bitwie warszawskiej (16 sierpnia) i ofensywie znad Wieprza, proponowali, aby zajęta przez nich linia Grabowo–Augustów–Sztabin została uznana za linię demarkacyjną. W praktyce oznaczałoby to zgodę na przekazanie Litwie całej Suwalszczyzny. Wobec braku możliwości porozumienia 27 sierpnia 1920 r. dowódca 2. Armii WP wydał rozkaz wyparcia wojsk litewskich z Suwalszczyzny, z której zamierzano błyskawicznie opanować przeprawy na rzece Niemen, na północ od Grodna. Trzy dni później Litwini opuścili Suwałki, a 31 sierpnia Sejny, które zostały zajęte przez oddziały polskie. Tymczasem dowództwo litewskie zdecydowało się na kontruderzenie i 2 września podjęło natarcie, w wyniku którego ponownie zajęło północną część terytorium wraz z Sejnami.
Podczas kolejnych dni września działania polsko-litewskie były prowadzone z różnym powodzeniem, aż do bitwy pod Sejnami 22 września, w której strona litewska poniosła dotkliwe straty, a oddziały polskie zajęły linię Focha. Kilka dni później rząd litewski uznał linię z 8 grudnia 1919 r. i przyjął propozycję rokowań. W ich wyniku 7 października została podpisana tzw. umowa suwalska, w której strona litewska m.in. uznawała linię demarkacyjną biegnącą od granicy z Prusami Wschodnimi do ujścia rzeki Czarnej Hańczy i dalej do rzeki Niemen. Obie strony miały cofnąć swoje siły na głębokość 6 km, tworząc tym samym pas neutralny (strefę zdemilitaryzowaną) o szerokości około 12 km.
Litwini, nawet po zwycięstwie wojsk polskich w bitwie warszawskiej (16 sierpnia) i ofensywie znad Wieprza, proponowali, aby zajęta przez nich linia Grabowo–Augustów–Sztabin została uznana za linię demarkacyjną.
Umowa miała wejść w życie 10 października, ale jej realizacji zagroziły akcja wojskowa („bunt”) gen. Lucjana Żeligowskiego i zajęcie Wilna. Wprawdzie dalsze wydarzenia zaważyły na kształcie całej granicy polsko-litewskiej, jednak nie wpłynęły na jej kształt na odcinku suwalsko-sejneńskim. Powiaty augustowski i suwalski w całości znalazły się w państwie polskim, a z dawnego sejneńskiego jedynie północna część z Wisztyńcem, Kopciowem, Serejami, Wiejsiejami i Łoździejami znalazła się w granicach litewskich, wraz z mieszkającymi tam skupiskami ludności polskiej. Pas neutralny dzielący dawny powiat sejneński istniał aż do 1923 r.
Naczelnik Państwa Józef Piłsudski, nie czekając na wynik rokowań polsko-litewskich w Suwałkach, dążąc do rozwiązania sprawy Wilna metodą faktów dokonanych, 30 września polecił gen. Lucjanowi Żeligowskiemu zająć Wileńszczyznę. Zajęcie okręgu wileńskiego zostało upozorowane jako „bunt” dywizji złożonej z żołnierzy z Wileńszczyzny. 9 października dywizja gen. Żeligowskiego wkroczyła do Wilna, wypierając słabe oddziały litewskie. Trzy dni później proklamowano utworzenie „Litwy Środkowej”, niezależnego quasi-państwa zarządzanego przez Komisję Rządzącą. Komisja zapowiedziała przeprowadzenie plebiscytu, który miał określić przynależność państwową Wileńszczyzny.
Incydent ten doprowadził do rozszerzenia zakresu sporu polsko-litewskiego. Pod protektoratem Ligi Narodów rozpoczęły się rozmowy na temat spornego terytorium. 29 listopada w Kownie podpisano układ o zawieszeniu broni i utworzeniu zdemilitaryzowanego sześciokilometrowego pasa neutralnego. Litwini odrzucili pomysł plebiscytu, Polacy – zwolennicy inkorporacji – opowiadali się za włączeniem ziemi wileńskiej do Polski i utworzeniem Litwy w granicach etnograficznych, dlatego sprawa utknęła w martwym punkcie. Wprawdzie w Brukseli prowadzono dalsze negocjacje polsko-litewskie pod kierunkiem Ligi Narodów, a także rozmowy poufne, ale wszystkie zakończyły się niepowodzeniem.
Naczelnik Państwa Józef Piłsudski, nie czekając na wynik rokowań polsko-litewskich w Suwałkach, dążąc do rozwiązania sprawy Wilna metodą faktów dokonanych, 30 września polecił gen. Lucjanowi Żeligowskiemu zająć Wileńszczyznę.
Na początku stycznia 1922 r. Liga Narodów oficjalnie wycofała się z dalszej mediacji. Brak rozstrzygnięcia skłonił gen. Żeligowskiego do ogłoszenia 30 listopada 1921 r. dekretu o wyborach do sejmu wileńskiego. Sejm Litwy Środkowej 20 lutego 1922 r. podjął uchwałę o przyłączeniu do Polski. 3 marca 1922 r. w Warszawie delegacja wileńskiego Sejmu Orzekającego podpisała akt złączenia ziemi wileńskiej z II Rzecząpospolitą Polską „bez warunków i zastrzeżeń”. W proteście przeciwko tej decyzji Litwa ogłosiła stan wojenny z Polską. 24 marca Sejm Ustawodawczy podjął uchwałę o objęciu władzy państwowej nad Wileńszczyzną. Akt złączeniowy obu państw został podpisany 18 kwietnia w Wilnie.
Ostatecznie 15 lutego 1923 r. decyzją Konferencji Ambasadorów zlikwidowany został pas neutralny, a jego obszar otrzymał w końcu administrację obu państw. Wytyczona linia demarkacyjna została uznana przez Konferencję za granicę polsko-litewską. Litwa nadal nie uważała jej za granicę państwową, lecz za tymczasową linię demarkacyjną. Stan niezakończonego konfliktu zbrojnego między Polską a Litwą trwał aż do marca 1938 r., gdy w wyniku polskiego ultimatum oba państwa nawiązały stosunki dyplomatyczne.
Fragment książki Artura Ochała, Tarcza II Rzeczypospolitej. Korpus Ochrony Pogranicza 1924–1939, Warszawa 2018