Kozłowski urodził się 25 maja 1929 r. w Popowicach, przysiółku wsi Chwałowice (obecnie powiat stalowowolski, województwo podkarpackie) w rodzinie chłopskiej. Był jedynakiem. Od młodych lat pozostawał w permanentnym konflikcie z władzami partyjnymi i państwowymi. Podłożem tego antagonizmu były wartości, które wyniósł z rodzinnego domu, wrażliwość społeczna i genetyczny, chłopski upór.
Od kompanii karnej do wyroku za budowanie kościoła
Już podczas służby wojskowej miał odmówić przystąpienia do Związku Młodzieży Polskiej, za co trafił do kompanii karnej 26. pułku piechoty w Sanoku. W latach 50. XX w. był korespondentem gazety „Gromada Rolnik Polski”, na łamach której starał się opisywać krzywdy chłopskie oraz nadużycia lokalnych władz. Na fali odwilży październikowej, w 1956 r. wstąpił do PZPR. Po niespełna roku został z niej wyrzucony za krytykowanie aktualnej linii politycznej partii, odchodzenie od „osiągnięć polskiego października”, rewizjonizm i próby rozliczania stalinowskich aparatczyków. W 1957 r. wystosował protest do Komitetu Centralnego PZPR przeciwko likwidacji tygodnika „Po prostu”.
Podejmowane przez Kozłowskiego próby konfrontacji z lokalnymi elitami partyjnymi i administracyjnymi szybko się na nim zemściły. W 1958 r. został skazany na 3,5 roku więzienia za rzekome nadużycia, których miał się dopuścić przy odbudowie kościoła w Pniowie, którą prowadził jako murarz, a zarazem właściciel firmy budowlanej. W 1961 r. w wyniku rozprawy rewizyjnej został uniewinniony.
Obiekt zainteresowania SB
Nowe miejsce zatrudnienia – Przedsiębiorstwo Budownictwa Terenowego w Sandomierzu musiał opuścić w 1965 r., gdyż w następstwie sporu z pracodawcą został zwolniony. Problemy ze znalezieniem pracy, skromne zarobki związane z prowadzeniem gospodarstwa rolnego oraz trudności w utrzymaniu rodziny, spowodowały, że w latach 1966–1967 czynił starania, aby zaciągnąć się do armii amerykańskiej, by jako ochotnik (zarobkowo) walczyć w Wietnamie. W efekcie tego Kozłowskim zaczęła interesować się tarnobrzeska Służba Bezpieczeństwa, która od 1969 r. prowadziła przeciwko niemu sprawę operacyjnego rozpracowania kryptonim Ambasador.
Problemy ze znalezieniem pracy, skromne zarobki związane z prowadzeniem gospodarstwa rolnego oraz trudności w utrzymaniu rodziny, spowodowały, że w latach 1966–1967 czynił starania, aby zaciągnąć się do armii amerykańskiej, by jako ochotnik (zarobkowo) walczyć w Wietnamie.
W następstwie tego, że w 1971 r. starał się nagłośnić sprawy związane z defraudacją mienia państwowego dokonaną przez miejscowych prominentów podczas rewaloryzacji starówki w Sandomierzu oraz w związku z próbą zatuszowania wypadku postrzelenia chłopca podczas polowania przez partyjnych notabli, został pobity (27 maja 1971 r.) przez nieznanych sprawców. Omal nie został utopiony przez nich w Wiśle. Wkrótce usłyszał zarzuty… pobicia napastników. Sąd skazał go na dziewięć miesięcy pozbawienia wolności w zawieszeniu na dwa lata. W procesie rewizyjnym bronił się sam i doprowadził do oczyszczenia z zarzutów.
Pomimo szykan oraz represji sądowych Jan Kozłowski nie zaprzestał swojej działalności, którą dobrze oddaje fragment analizy napisanej przez funkcjonariusza SB z 1973 r.:
„wydaje mu się, że jest człowiekiem powołanym do walki z krzywdą. Jeżeli dowiedział się, że komuś dzieje się krzywda, stawał w jego obronie i pisał listy w tych sprawach do instytucji bez wiedzy tej osoby”.
W opozycji wobec systemu
Uznać należy, że naturalną konsekwencją przedstawionej postawy Kozłowskiego było jego zaangażowanie w zorganizowanej opozycji demokratycznej w drugiej połowie lat 70. W 1977 r. wysłał list do marszałka sejmu PRL, w którym jako rolnik popierał działalność Komitetu Obrony Robotników i Ruchu Obrony Praw Człowieka i Obywatela. W tym samym dokumencie domagał się obrony interesów rolników indywidualnych. Nawiązał kontakty z Jackiem Kuroniem i mecenasem Władysławem Siłą-Nowickim, późniejszym jego obrońcą w procesie politycznym w 1980 r. Został jednym z pierwszych chłopskich współpracowników KSS KOR.
W 1977 r. Kozłowski związał się z grupą działaczy chłopskich skupionych wokół Henryka Bąka. Współtworzył założony 10 września 1978 r. w Lisewie Tymczasowy Komitet Niezależnych Związków Zawodowych Rolników. Z entuzjazmem przyjął inicjatywy samoorganizujących się rolników. Współpracował z komitetami samoobrony chłopskiej ziemi lubelskiej, ziemi grójeckiej i ziemi rzeszowskiej. Publikował na łamach pism niezależnych „Gospodarz”, „Postęp”, „Rolnik Niezależny”. Należał do redakcji „Placówki”.
Prześladowany przez reżim
Działalność opozycyjna szybko przyniosła Kozłowskiemu poważne, negatywne następstwa. W 1978 r. jego córka Jolanta Róża została wyrzucona z Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Kielcach, a syn Wiesław nie mógł podjąć studiów w Wyższej Szkole Lotniczej w Dęblinie. W 1979 r. Kozłowskiemu został wytoczony proces karny pod zarzutem pobicia sąsiada. W ramach represji władze próbowały uczynić z niego osobę chorą psychicznie.
W lutym 1980 r. Sąd Rejonowy w Stalowej Woli uznał Kozłowskiego winnym i skazał na dwa lata pozbawianie wolności. 29 maja 1980 r. po procesie apelacyjnym Sąd Wojewódzki w Tarnobrzegu z siedzibą w Sandomierzu podtrzymał wyrok.
Rozprawę rewizyjną poprzedziła potężna akcja członków i współpracowników KSS KOR, ROPCiO i komitetów chłopskich w jego obronie. Sprawa Kozłowskiego została nagłośniona przez Radio Wolna Europa i prasę niezależną. W Lublinie powołano Komitet na Rzecz Obrony Jana Kozłowskiego (22 maja 1980 r.). Na rozprawę rewizyjną do Sandomierza przyjechali działacze i sympatycy opozycji z całego kraju. Około 70 osób zostało zatrzymanych na 48 godzin lub zamknięta na kilka godzin w pomieszczeniach miejscowego MO. Kolegium do Spraw Wykroczeń w Sandomierzu ukarało grzywną 20 osób.
Kozłowski odbywał wyrok w zakładach karnych w Kłodzku i Łęczycy. Został zwolniony 2 września 1980 r. na mocy Porozumień Gdańskich.
***
Po wyjściu na wolność kontynuował działalność opozycyjną w niezależnym ruchu związkowym na wsi. 4 czerwca 1989 r. wyborcy z województwa tarnobrzeskiego wybrali go na senatora.