W armii rosyjskiej
Po wybuchu I wojny światowej znalazł się w Cesarstwie Rosyjskim i w 1915 r. został zmobilizowany do armii rosyjskiej. Po ukończeniu Szkoły Kawalerii w Elizawietgradzie walczył na froncie rumuńskim i w Galicji Wschodniej. 15 grudnia 1917 r. wstąpił do III Korpusu Wschodniego.
Był dowódcą szwadronu 7. Pułku Ułanów Lekkiej Brygady. Walczył wówczas przeciwko bolszewikom i Ukraińcom. Pod Niemirowem został ciężko ranny. W czerwcu 1918 r. został internowany przez Austriaków w Pikowie na Podolu, skąd zbiegł.
W walce o Niepodległą
Działał w POW w Charkowie i Kijowie. Po zgłoszeniu się 9 grudnia 1918 r. do Wojska Polskiego w Warszawie i otrzymaniu przydziału do Szwadronu Jazdy Wojewódzkiej Warszawskiej Odsieczy Lwowa, został skierowany 26 grudnia 1918 roku w składzie szwadronu pod dowództwem rotmistrza Antoniego Suszkiewicza na front do samego Lwowa. W 1920 r. służył w stopniu porucznika jako dowódca szwadronu 12. Pułku Ułanów Podolskich.
13 sierpnia 1920 r., dowodząc plutonem osłaniającym odwrót, wyróżnił się w walce pod Chołojowem. Rozkazem z 28 lutego 1921 roku został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 roku w stopniu porucznika, w kawalerii, w grupie oficerów byłych Korpusów Wschodnich oraz byłej armii rosyjskiej . 14 kwietnia 1921 r. dowodził szwadronem w walkach o Niemirowice. W rocznicę uchwalenia Konstytucji z 1791 r., 3 maja 1922 roku został zweryfikowany w stopniu rotmistrza ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 roku i 244. lokatą w korpusie oficerów jazdy (od 1924 roku – korpus oficerów kawalerii). W 1926 r. przeniesiono go na stanowisko dowódcy szwadronu samochodów pancernych w Poznaniu w 15. Pułku Ułanów Poznańskich.
Po ukończeniu w 1929 r. Wyższej Szkoły Wojennej awansowano go do stopnia majora dyplomowanego ze starszeństwem 1 stycznia 1928 r. W 1932 r. służył w 3. Pułku Pancernym. Ukończył wówczas Szkołę Czołgów i Samochodów Pancernych. W 1934 r. był zastępcą dowódcy 14. Pułku Ułanów, a od 1935 r. był dyrektorem nauk w Centrum Wyszkolenia Kawalerii w Grudziądzu. W 1938 roku został dowódcą 23. Pułku Ułanów Grodzieńskich w Postawach, z którym wziął udział w walkach we wrześniu 1939 r. Jego pułk znalazł się w składzie Wileńskiej Brygady Kawalerii w ramach Armii „Prusy”. Po ciężkich walkach z Wehrmachtem w okolicy Tomaszowa Mazowieckiego w nocy z 8/9 września rozwiązał pułk w okolicy Przysuchy.
Oficer ZWZ-AK
Uniknął niewoli i od razu zaangażował się w działalność konspiracyjną, jako zastępca komendanta i szef sztabu organizacji „Brochwicz” na Lubelszczyźnie, co stało się już w październiku, tuż po klęsce wrześniowej. Współorganizował ZWZ, uczestniczył w zjeździe działaczy konspiracyjnych w Krakowie w grudniu 1939 r. W lipcu 1940 r. mianowano go Komendantem Okręgu Krakowskiego. W latach 1940-1941 był oficerem III Oddziału KG ZWZ.
(...) trafił do niemieckiego obozu koncentracyjnego w KL Mauthausen. 6 kwietnia 1945 r., podczas ewakuacji obozu, został zastrzelony na szosie (...)
Od czerwca 1941 do listopada 1942 r. ponownie pełnił funkcję komendanta Okręgu Kraków (wg. innych źródeł od sierpnia 1941 r. ). Mieszkał wówczas w Krakowie przy ul. Brodzińskiego. W lipcu 1942 r. poinformował inspektora miechowskiego mjr. Łukasza Grzywacza-Świtalskiego o grożącym mu ze strony gestapo aresztowaniu, a w sierpniu 1942 r. mianował go na stanowisko nowego inspektora krośnieńskiego. Za jego dowództwa opracowano zasadniczo plan powstania powszechnego dla Okręgu Krakowskiego ZWZ-AK.
Z Krakowa został przeniesiony na stanowisko kwatermistrza KG AK do Warszawy. W latach 1942-1944 był szefem IV Oddziału KG. Brał udział w Powstaniu Warszawskim w rejonie Woli i Śródmieścia. W trakcie powstania odpowiadał za organizację II rzutu KG AK. Po kapitulacji Warszawy opuścił miasto razem z ludnością cywilną. Przed kapitulacją Warszawy został we wrześniu 1944 r. wyznaczony na stanowisko Komendanta Obszaru Zachodniego AK „Zamek”.
Ukrywając się pod zmienionym nazwiskiem został aresztowany przez Niemców, choć go nie rozpoznali, następnie trafił do niemieckiego obozu koncentracyjnego w KL Mauthausen. 6 kwietnia 1945 r., podczas ewakuacji obozu, został zastrzelony na szosie, gdy ewakuowano więźniów z KL Wiener Neudorf (filia KL Mauthausen).
* * *
Zygmunt Miłkowski został odznaczony m.in.: Krzyżem Orderu Virtuti Militari V kl, Orderem Polonia Restituta 5 klasy, trzykrotnie Krzyżem Walecznych, Złotym Krzyżem Zasługi, Medalem Pamiątkowym Za Wojnę 1918-1921, Medalem Dziesięciolecia, Odznaką „Orlęta”.
