Z chwilą zakończenie działań zbrojnych polskiej wojny obronnej w 1939 r. natychmiast przechodzono do konspiracji. Powstało Polskie Państwo Podziemne (PPP). Polacy utworzyli tajny naczelny organ administracji – Delegaturę Rządu na Kraj, podporządkowaną Rządowi RP na uchodźstwie oraz podzieloną na pion cywilny i wojskowy.
W pionie cywilnym Kierownictwa Walki Cywilnej Delegatury Rządu na Kraj, w ramach Departamentu Oświaty i Kultury funkcjonowała Komisja Duchowieństwa. W jej skład wchodzili: ks. Franciszek Pauliński – pallotyn, przewodniczący, o. Edmund Elter TJ, ks. płk. prałat Tadeusz Jachimowski – naczelny kapelan AK, ks. dr Roman Mieliński, ks. płk. Prałat Jerzy Sienkiewicz. Łącznikiem między Departamentem Oświaty i Kultury a Komisją Duchowieństwa był Antoni Ponikowski. Po śmierci ks. Fr. Paulińskiego przewodniczącym Rady został ks. płk. T. Jachimowski, a po jego zamordowaniu przez Niemców przewodnictwo objął o. E. Elter TJ. W okresie późniejszym dokooptowano do Rady ks. Józefa Barona i ks. Antoniego Hlonda „Chlondowskiego” (brata prymasa).
Księża na partyzanckim szlaku
Spontanicznie tworzyły się oddziały partyzanckie, gdzie funkcjonowało konspiracyjne duszpasterstwo wojskowe, a większość oddziałów podziemia zbrojonego posiadała swoich kapelanów. Zalążek organizacyjny służby duszpasterskiej tworzył ks. mjr Stefan Kowalczyk, któremu bp gen. dyw. Józef Gawlina przed opuszczeniem Warszawy powierzył pełnienie obowiązków Wikariusza Generalnego Wojska Polskiego. Wkrótce okazało się, że potrzebna jest koordynacja działań duchowieństwa katolickiego włączonego do podziemnej walki z wrogiem. Z tego powodu w drugiej połowie 1940 r. zorganizowano taki ośrodek, nazywany w literaturze przedmiotu „Grupa Eltera”. Inicjatorami byli: o. Edmund Elter T.J. – b. profesor Papieskiego Uniwersytetu „Gregorianum” i tzw. socjusz prowincjała wielkopolskiej prowincji Towarzystwa Jezusowego. Ośrodek tworzyły cztery osoby: o. Edmund Elter TJ, ks. płk. Tadeusz Jachimowski – były Kanclerz Kurii Polowej, o. Jacek Woroniecki O.P.- profesor KUL, ks. prof. Jan Stępień – prof. Wyższego Seminarium Duchownego w Sandomierzu.
Wkrótce okazało się, że potrzebna jest koordynacja działań duchowieństwa katolickiego włączonego do podziemnej walki z wrogiem. Z tego powodu w drugiej połowie 1940 r. zorganizowano taki ośrodek, nazywany w literaturze przedmiotu „Grupa Eltera”.
Dzięki osobistej interwencji w Rzymie ks. Błażeja Marabotto – orionisty, zastępującego nieoficjalnie nuncjusza papieskiego dla kraju, a oficjalnie duszpasterza kolonii włoskiej w Warszawie i superiora zakładu wychowawczego księży orionistów w Warszawie na Ochocie, księża kapelani oddziałów leśnych i księża pracujący w konspiracji uzyskali od Stolicy Apostolskiej cały szereg uprawnień. Obejmowały one następujące przywileje (facultates): mogli rozgrzeszać od wszelkiego rodzaju cenzur i kar kościelnych; udzielać ogólnego rozgrzeszenia w warunkach niebezpieczeństwa śmierci; odprawiać dwie, a nawet trzy Msze św. w jednym dniu i to bez paramentów liturgicznych i pozostałego sprzętu liturgicznego, w dowolnych godzinach i każdym miejscu; zamiast hostii mogli używać chleba pszennego.
W oparciu o ww. przywileje opracowano szereg instrukcji normujących pracę duszpasterską księży kapelanów wojsk podziemia i rozesłano w teren. Do takich spraw należało np. prawne udzielanie ślubów żołnierzom oddziałów partyzanckich i ludziom „spalonym” (takim, którzy nie mogli występować pod własnym nazwiskiem) czy też m.in. prowadzenie aktów urodzenia i chrztu ich dzieci, co z kolei wymagało prowadzenia drugiej, tajnej kartoteki małżeństw i chrztów, zawierającej prawdziwe nazwiska „spalonych”. Taki stan rzeczy trwał aż do chwili utworzenia Armii Krajowej 14 lutego 1942 r.
W szeregach Armii Krajowej
Po unifikacji różnych organizacji wojskowych z funkcjonującego dotąd ośrodka centralnego duszpasterstwa podziemnego rozwijał się proces formownia Krajowego Kościoła Konspiracyjnego (KKK), który ostatecznie w 1944 r. posiadał, podobnie jak PPP, swój pion wojskowy (duszpasterstwo wojskowe, później Polowa Kuria AK) oraz cywilny: Organizacja Kleru (OK), Komisja Duchowieństwa, Rada Kapłańska i Konspiracyjne Przedstawicielstwo Episkopatu przy Delegaturze Rządu RP na Kraj i w Radzie Jedności Narodowej.
Organizacja Kleru prawdopodobnie nawiązała kontakt z ambasadą RP przy Stolicy Apostolskiej, a wcześniej z o. Włodzimierzem Ledóchowski TJ, generałem jezuitów, przekazując drogą kościelną pierwsze swoje sprawozdanie o sytuacji Kościoła w okupowanej Polsce.
Organizacja Kleru (OK), którą specjalnym patronatem otoczył metropolita krakowski abp Adam Sapieha, obejmowała wszystkich duchownych diecezjalnych i zakonnych, pragnących służyć walczącym z okupantem wszechstronną pomocą. Szczególny nacisk OK kładła na pogłębianie uświadamiania religijnego i życia duchowego wśród działaczy wojskowych i politycznych oraz służenie im pomocą w formowaniu ustnej i pisanej propagandy. Stopniowo powstawały diecezjalne oddziały OK w Warszawie, Krakowie, Sandomierzu, Siedlcach, Częstochowie, Kielcach i Łomży, skupiając w szeregach ok. 500 duchownych, biorących czynny udział w pracy konspiracyjnej o charakterze narodowym i katolickim, pozostającej jednak w niezależności od wszystkich grup politycznych. OK uzyskała wkrótce łączność z księżmi na terenach włączonych do Rzeszy: Poznaniem, Pomorzem, Łodzią i Katowicami.
OK (środowisko nazywane też Legalistami) miała dla swej działalności poparcie najwyższych hierarchów kościelnych pozostających na terenie okupowanych ziem polskich i obejmowała swym zasięgiem także tereny okupacji sowieckiej, łącznie z miejscami, dokąd wywieziono ludność polską. Prawdopodobnie nawiązała kontakt z ambasadą RP przy Stolicy Apostolskiej, a wcześniej z o. Włodzimierzem Ledóchowski TJ, generałem jezuitów, przekazując drogą kościelną pierwsze swoje sprawozdanie o sytuacji Kościoła w okupowanej Polsce (być może z pomocą innej organizacji konspiracyjnej – środowiska duchownych powiązanych ze SP „Unia” lub Frontem Odrodzenia Polski).
OK utrzymywała ścisłą łączność z Delegaturą Rządu na Kraj. Z kolei łączność pomiędzy poszczególnymi diecezjami, a centralą OK utrzymywał ks. prof. Jan Stępień. Kierownikiem oddziału diecezjalnego OK w Warszawie był ks. dr Jan Niedziałek, w Krakowie ks. dr Ferdynand Machay, w Lublinie – ks. Wincenty Wierzbicki, w Katowicach ks. Bolesław Kominek, a w Poznaniu ks. dr Seweryn Kowalski.
Droga ks. Seweryna Kowalskiego
Ks. dr Seweryn Kowalski był kapłanem archidiecezji gnieźnieńskiej i poznańskiej, ur. 1890 r. w Pleszewie, święcenia kapłański przyjął 1 marca 1914 r. Zajmował się pracą duszpasterską m.in. w Ostrorogu, od 1919 r. był prof. religii w poznańskim gimnazjum im. Dąbrówki, następnie studiował we Lwowie, a od 1926 r. był m.in. profesorem Egzegezy Nowego Testamentu w Seminarium Duchownym w Poznaniu. W 1938 r. habilitował się na Uniwersytecie we Lwowie. Ponieważ na Uniwersytecie w Poznaniu nie było Wydziału Teologicznego, od 1939 r. miał objąć katedrę Nowego Testamentu na Uniwersytecie Stefana Batorego w Wilnie.
Na początku wojny zastępował rektora Seminarium Duchownego w Poznaniu (rektor, ks. Zygmunt Baranowski był od 11 września do 30 października 1939 r. przetrzymany przez Niemców wraz z grupą 20 zakładników). Pozostający w Poznaniu ówczesny sufragan archidiecezji poznańskiej, bp. Walenty Dymek, prosił go o objęcie obowiązków rektora seminarium. Ks. dr. S. Kowalski zdążył wysłać kleryków do domów i w ten sposób, jak się okazało, uratował ich przed niechybną śmiercią z rąk Niemców, którzy realizowali zaplonowaną akcję eliminującą polską inteligencję (Intelligenzaktion). Teren archidiecezji gnieźnieńskiej i poznańskiej został wcielony do III Rzeszy jako Warteland. Już w 1939 r. Polacy zorganizowali tam tajną organizację konspiracyjna „Ojczyzna”, której członkowie współpracowali z PPP, zawłaszcza w ramach Departamentu Oświaty i Kultury Delegatury Rządu na Kraj, a także tajnego Uniwersytetu Ziem Zachodnich (UZZ). Na terenie Warteland funkcjonowało też tajne duszpasterstwo, nadzorowane w ścisłej konspiracji przez bp. Walentego Dymka.
9 listopada 1939 r. ks. dr Seweryn Kowalski został aresztowany przez gestapo na Ostrowie Tumskim w Poznaniu i z całym gronem księży wywieziony był najpierw do Kazimierza Biskupiego, a stamtąd do KL Dachau – nr 11371, a następnie do KL Gusen - z takim samym numerem. W obozie w KL Gusen, wraz z innymi duchownymi, prowadził nielegalną działalność kapłańską: głosił nauki, słuchał spowiedzi, przygotowywał na śmierć. Podtrzymywał stale ducha wśród współwięźniów. Potajemnie uczył też języka niemieckiego.
W efekcie żmudnych zabiegów brata, wieloletniego dyrektora szpitala SS Elżbietanek w Katowicach i bratowej, 15 października 1940 r. zostało podpisane jego zwolnienie z obozu. Pierwszy jego list z podróży po zwolnieniu datowany jest w Wiedniu na dzień 23 listopada 1940 r. Z Wiednia pojechał do brata do Katowic, gdzie się leczył po przeżyciach obozowych.
Wojenny krzyż
Następnie udał się do Poznania. Zamieszkał u internowanego przez Niemców (do 1943 r. na Ostrowie Tumskim, później na plebanii parafii pw. Matki Boskiej Bolesnej) sufragana poznańskiego ks. bp. Walentego Dymka, który potajemnie administrował diecezją.
W pierwszych miesiącach 1942 r. ks. dr Seweryn Kowalski wyjechał do Warszawy, gdzie mieszkała wysiedlona jego siostra z rodziną (matka umarła w Warszawie w dniu jego uwolnienia z obozu). W ramach działań OK utrzymywał łączność z Poznaniem. Choć brak bliższych danych na ten temat związków z archidiecezją gnieźnieńską i poznańską, świadczą o nich okruchy informacji na temat jego działań w latach 1943-1945. W Warszawie podjął się prowadzenia wykładów i ćwiczeń w ramach tajnego UZZ.
W latach 1943-44 był dziekanem Wydziału Teologii Katolickiej tego Uniwersytetu. Przed powstaniem warszawskim tajne komplety UZZ organizowano w pomieszczeniach sióstr urszulanek w Warszawie w tzw. „Szarym Domu” przy zbiegu ulic Gęstej, Dobrej i Wiślanej (wówczas: Księdza Siemca). Konspiracyjną naukę organizowano także w domu przy ul. Tamka 30, który siostry urszulanki wynajmowały od sióstr szarytek (sióstr św. Wincentego a Paulo), na narożniku ulic Tamka i Topiel . Tzw. „Szary Dom” był przepełniony, stąd konieczność wynajmowania trzeciego domu od s. szarytek. Siostry prowadziły tam zakład opiekuńczo-wychowawczy dla ok. 80 dziewcząt, sierot i półsierot, wśród których były także dzieci żydowskie oraz 10 dzieci przyjętych z Zamojszczyzny. Prowadziły również tajne komplety szkoły średniej dla wychowanek domu, udzielały lokalu na tajne komplety Uniwersytetu Warszawskiego i Uniwersytetu Ziem Zachodnich oraz na szkolenie pielęgniarek (miały wykłady dla kursu pielęgniarskiego z ramienia Wojskowej Służby Kobiet AK). W domu odbywały się również dni skupienia i wykłady, które prowadził m.in. ks. prof. Stefan Wyszyński. Szczególną rolę odegrał dom w okresie powstania warszawskiego, kiedy utworzono tam szpital dla ponad 60 osób spośród żołnierzy AK zgrupowania „Krybar” (powiązanych ze SP „Unia”) i ludności cywilnej.
Ks. Kowalski w czasie powstania warszawskiego znalazł się w gronie trzech duchownych, którzy w domu przy ul. Tamka 30 odprawiali msze św. do czasu, kiedy Niemcy zarządzili przymusową ewakuację jego mieszkańców. Ks. S. Kowalski wyszedł wtedy z Warszawy, przeszedł przez obóz w Pruszkowie, wyjechał do Kielc, gdzie doczekał się wolności. Powrócił do diecezji gnieźnieńskiej i poznańskiej a następnie wrócił do pracy naukowej.
Zmarł w Gnieźnie w 1956 r.