W 1958 r. rządcą administracji apostolskiej w Gorzowie Wlkp. (w latach 1950-67 określanej mianem Ordynariatu Gorzowskiego) został biskup Wilhelm Pluta. W tym samym roku jego biskupem pomocniczym został Jerzy Stroba. Dwa lata później do wspomnianej dwójki dołączył Ignacy Jeż. W tym składzie personalnym administracja (od roku 1967 Administracja Apostolska Gorzowska ad nutum Sanctae Sedis) była zarządzana do 1972.
Administratorzy apostolscy w Gorzowie Wlkp.
W tym okresie biskupi kładli duży nacisk na religijne wychowanie dzieci i młodzieży, prawidłowe funkcjonowanie rodzin. Przeciwstawiali się też zarządzeniom władz, które uderzały w Kościół, chodziło np.: o powoływanie alumnów do wojska, całkowite usunięcie religii ze szkół w 1961 r., likwidację Niższych Seminariów Duchownych itp. Byli przeciwni rejestrowaniu punków katechetycznych, prowadzeniu ksiąg inwentarzowych. Swój krytyczny stosunek do władz wyrażali podczas kazań wygłaszanych w trakcie różnego rodzaju uroczystości religijnych oraz w listach pasterskich. Wśród członków lokalnych władz państwowych „cieszyli się” opinią nieprzejednanych wrogów ówczesnego ustroju, wiernie realizujących wytyczne kardynała Stefana Wyszyńskiego. Z tego powodu byli narażeni na różnego rodzaju szykany i represje. Biskupowi Plucie odmawiano np. zgody na wyjazdy do Rzymu celem wzięcia udziału w Soborze Watykańskim II. Ponadto próbowano skłócić go z biskupem Strobą i nastawiać przeciwko niemu całe duchowieństwo i społeczeństwo. W tym celu Służba Bezpieczeństwa prowadziła działania o charakterze dezinformacyjnym, kolportując np. plotki o tym, że bp. Pluta wszystkie pieniądze diecezji gorzowskiej przekazuje na budowę domu dla swojej rodziny na Śląsku.
Początek uroczystości milenijnych w kościele św. Jana Ewangelisty w Szczecinie. Powitanie episkopatu przez biskupa Ordynariatu Gorzowskiego ks. Wilhelma Plutę, 5 listopada 1966 r. Ze zbiorów NAC
Lata rządów wspomnianej trójki biskupów przypadają również na ważne wydarzenia religijne: Jasnogórskie Śluby Narodu, Wielką Nowennę przed 1000 rocznicą Chrztu Polski oraz obchody Milenium.
Ważnym wydarzeniem dla Kościoła katolickiego w świecie był Sobór Watykański II. Biskupi gorzowscy brali w nim udział, chociaż jak wspomniano, nie bez pewnych problemów. Bp. Pluta uczestniczył tylko w I i III sesji soboru. W pozostałych nie mógł wziąć udziału ze względu na brak zgody na wyjazd ze strony władz. On takie sytuacje bardzo przeżywał. Każdy z biskupów dzielił się swoimi wrażeniami z Soboru. Dla ówczesnego społeczeństwa, w sytuacji, gdy nie było jeszcze wówczas dostępu do internetu, stali się przekaźnikami wiedzy na temat tego, co działo się w Rzymie.
List biskupów polskich do „niemieckich braci w Chrystusie”
Nowa fala krytyki zalała Kościół w listopadzie 1965 r. Była ona spowodowana listem biskupów Polski do „niemieckich braci w Chrystusie”, który zawierał sformułowanie wywierające największe poruszenie: „Przebaczamy i prosimy o przebaczenie”. A był to tylko jeden z 56 listów, jakie biskupi Polscy wystosowali do episkopatów różnych krajów w związku z zakończeniem obrad soborowych i ze względu na zbliżające się uroczystości Milenium Chrztu Polski. Dopiero po latach można ze spokojem skonstatować, jak ważnym krokiem na drodze do pojednania był ów list skierowany do niemieckiego episkopatu. A zarazem jak dużej wymagał odwagi, aby przebaczyć i poprosić o przebaczenie po zaledwie 20 latach od zakończenia wojny. Ten list miał duże znaczenie dla biskupów gorzowskich ponieważ zarządzali oni administracją kościelną znajdującą się na terenach należących przed wojną do Niemiec. To dlatego dużo wysiłku włożyli w to, aby wbrew komunistycznej nagonce, wyjaśnić społeczeństwu Pomorza Zachodniego sens i znaczenie tego listu dla relacji polsko-niemieckich.
Obchody Milenium na Pomorzu Zachodnim
Gdy jeszcze nie wybrzmiały echa listu biskupów polskich do „niemieckich braci w Chrystusie” rozpoczęły się przygotowania do uroczystości milenijnych na Pomorzu Zachodnim. W ordynariacie gorzowskim odbyły się one 5 listopada 1966 r. w Szczecinie i w dniu następnym w Gorzowie Wlkp. Przy tej okazji do Międzyrzecza sprowadzono relikwie Pięciu Braci Męczenników Międzyrzeckich, zagrabionych z tego miasta podczas II wojny światowej. Uroczystości milenijne w Kamieniu Pomorskim i w Kołobrzegu miały miejsce w 1967 r. Generalnie obchody pod względem kościelnym były podobne do innych uroczystości organizowanych w tym czasie w Polsce. To, co stanowiło pewien wyróżnik, dotyczyło wyeksponowania piastowskiej historii Pomorza Zachodniego i ukazania argumentów przemawiających za polską obecnością na tych ziemiach. Jako przykład może posłużyć wystąpienie biskupa pomocniczego Ignacego Jeża zatytułowane Milenium diecezji gorzowskiej, w którym sięgając do wydarzeń z X wieku, przypomniał okoliczności powstania pierwszego biskupstwa w Kołobrzegu.
Obchody Tysiąclecia Chrztu Polski w Szczecinie, 5 listopada 1966 r. Prymas Polski ks. kard. Stefan Wyszyński (4. z lewej) z obecnymi na uroczystości biskupami udziela błogosławieństwa zgromadzonym wiernym. Widoczni m.in.: biskup Ordynariatu Gorzowskiego ks. Wilhelm Pluta (3. z lewej), administrator apostolski diecezji wrocławskiej ks. arcybiskup Bolesław Kominek (5. z lewej) i ks. biskup Józef Drzazga z Olsztyna (4. z prawej). Ze zbiorów NAC
Władze w różnoraki sposób starały się przeciwdziałać w organizacji uroczystości religijnych. Bardziej aktywnych katolików świeckich wzywano na rozmowy, starając się ostudzić zapał związany z Milenium. Czyniono szereg utrudnień pielgrzymom wyjeżdzającym na milenijne obchody do Gniezna lub Częstochowy. Przede wszystkim jednak organizowano konkurencyjne imprezy o świeckim charakterze w tym samym czasie co uroczystości religijne.
Milenium to był klasyczny przykład walki państwa z Kościołem o „rząd dusz”, z której Kościół wyszedł zwycięsko.
Podział administracji apostolskiej
Ostatnim ważnym akcentem w dziejach dużej administracji apostolskiej gorzowskiej był jej podział dokonany bullą papieża Pawła VI Episcoporum Poloniae Coetus. Dokument ten, datowany na 28 czerwca 1972 r., m. in. tworzył w jej miejsce trzy mniejsze diecezje: gorzowską ze stolicą biskupią w Gorzowie Wlkp.(na jej czele stanął bp Wilhelm Pluta); koszalińsko-kołobrzeską ze stolicą biskupią w Koszalinie (pokierował nią bp Ignacy Jeż) i szczecińsko-kamieńską ze stolicą biskupią w Szczecinie (tu ordynariuszem został bp Jerzy Stroba). Akt ten położył kres tymczasowej administracji kościelnej na Ziemiach Zachodnich, ostatecznie rozwiązując problem, z którym borykano się od czasu zakończenia wojny.
Podsumowując lata zarządzania administracją gorzowską przez bp. Plutę należy stwierdzić, że w tym niełatwym dla Kościoła okresie, radził sobie bardzo dobrze. Był pasterzem Kościoła zajmującego znaczny obszar kraju, a swoją posługę pełnił pod czujnym okiem SB. Znał biegle języki obce, prowadził głębokie życie duchowe. Oczytany w zagranicznej, naukowej literaturze, swoją wiedzą dzielił się z innymi. Miało to szczególne znaczenie w sytuacji permanentnych trudności w dostępie do fachowej literatury teologicznej. Wspierany przez biskupów Ignacego Jeża i Jerzego Strobę, umiejętnie przeprowadził zachodniopomorski Kościół katolicki od roku 1958 do podziału administracji apostolskiej w 1972 r.
