Tym samym przedwojenny powiat znalazł się w orbicie wpływów dwóch najeźdźców, którzy podzielili go między siebie. Granica niemiecko-sowiecka (opuszczając rzekę Bug tuż przed Małkinią) biegła linią prostą w kierunku północno-zachodnim ku rzece Narew, pozostawiając w rękach Niemców (po lewej stronie) Ostrów Mazowiecką i Ostrołękę, a w rękach Sowietów (po prawej stronie) Zambrów i Łomżę.
Strefa nadgraniczna czyniła życie bardziej niebezpiecznym w związku z nielegalnym przemieszczaniem się ludności z jednej strefy okupacyjnej do drugiej, któremu towarzyszyły nierzadko strzelaniny, aresztowania, kradzieże.
Podział ten potęgował tragedię wojenną i tak dotkniętej nią miejscowej ludności. Nieistotne dla okupantów było rozdzielenie rodzin. Nie interesowało ich także, że granica odcinała miejscowym dostęp do tradycyjnych ośrodków komunikacyjnych, gospodarczych, leczniczych jak Ostrów Mazowiecka czy Warszawa. Ponadto strefa nadgraniczna czyniła życie bardziej niebezpiecznym w związku z nielegalnym przemieszczaniem się ludności z jednej strefy okupacyjnej do drugiej, któremu towarzyszyły nierzadko strzelaniny, aresztowania, kradzieże.
Sowieci w Zarębach
Do samych Zaręb Kościelnych najeźdźca wszedł 24 września. Z głębi ZSRS przybywali tu sowieccy urzędnicy, nauczyciele, pracownicy służb policyjno-śledczych, wojsko. Liczni funkcjonariusze NKWD, którzy starannie penetrowali miasteczko i wsie, zainstalowali swoje dowództwo w dworku byłego folwarku Kosuty. Dla osób schwytanych próbujących przekroczyć „zieloną granicę” czy też aresztowanych z powodów znanych tylko Sowietom, przygotowali z kolei więzienie (areszt), adaptując do tego większość pomieszczeń (na parterze i w piwnicach) w przykościelnym budynku byłego klasztoru reformackiego ufundowanego w XVIII w. przez Szymona Zarembę. Wyrzuceni wówczas zostali obaj księża (proboszcz i wikariusz) oraz kościelny. Do prymitywnego budynku zastępczego przeniesiono stąd także szpital, który był tu naprędce zorganizowany po agresji Niemiec na Polskę przez miejscowego lekarza Jana Gauzego.
Zorganizowane więzienie miało charakter czasowy, a osadzonych w nim następnie wysyłano do więzień w Łomży, Białymstoku, Baranowiczach, Brześciu nad Bugiem lub Mińsku Litewskim. Ile osób przez nie przeszło – nie wiadomo – i zapewne się już tego nie dowiemy. Z ustaleń Daniela Edwarda Skłodowskiego (Losy mieszkańców gminy Zaręby Kościelne w latach wojny 1939-1945, Warszawa 2004) wynika, iż w latach 1939-1941 NKWD aresztowało 32 mieszkańców gminy Zaręby Kościelne. Jest duże prawdopodobieństwo, że wszyscy „zagościli” w murach klasztornych jako więźniowie.
„Goście” murów klasztornych
Jedną z zatrzymanych w grudniu 1939 r. była Bolesława Jadczakowa z Zaręb Kościelnych, której zarzucono nielegalne przekroczenie granicy. Miała ona matkę w odległej o kilka kilometrów wsi Kańkowo koło Małkini znajdującej się w Generalnej Guberni. Co się z nią stało, to kolejna niewiadoma – pewne jest natomiast, że jej czteroletni syn Stefan stracił matkę, a po niespełna dwóch latach i ojca, który zginął od niemieckiego pocisku.
Więcej szczęścia miał 20-letni wówczas zabłudowianin Mieczysław Szyłkiewicz. Chcąc przedrzeć się na zachód do tworzącego się we Francji Wojska Polskiego w kwietniu 1940 r. podjął próbę przejścia granicy sowiecko-niemieckiej w okolicach Zaręb Kościelnych. Choć został schwytany przez enkawudzistów, to przeżył zarębskie kazamaty i następnie zsyłkę na Sybir, którą mu zgotowali Sowieci. Wspominając (Na wojennym szlaku (Z Zabłudowa do Zabłudowa), Białystok 2009) tygodniowy pobyt w Zarębach Kościelnych pisał:
„Cele klasztorne wypełnione były schwytanymi uciekinierami takimi jak my. Między nami dużo było Żydów wracających z powrotem z sowieckiego raju, do którego uciekli przed Niemcami. Karmiono nas w areszcie gotowaną soczewicą na śniadanie, obiad i kolację, a potem popędzono […] pod eskortą do dworca kolejowego i załadowano do wagonów bydlęcych. Ruszyliśmy na wschód…”
Ten wschód dla wielu, w tym i dla mieszkańców gminy Zaręby Kościelne, był ostatnim przystankiem w życiu. Dziś patrząc na zarębski kompleks poklasztorny pamiętajmy o tej smutnej historii.