Jesienią 1988 r. poczucie dużego poparcia w środowisku skłoniło jego władze krajowe NZS do złożenia wniosku o rejestrację. Okazało się jednak, że jest za wcześnie – władze odmówiły Zrzeszeniu prawa do legalnego funkcjonowania, uznając za jego „grzech główny” próbę wznowienia działalności sprzed 13 grudnia 1981 r. Jednocześnie władze komunistyczne podjęły dialog z częścią opozycji solidarnościowej skupionej wokół Lecha Wałęsy.
Wobec rozmów komunistów z częścią opozycji
We władzach NZS pojawił się problem z ustosunkowaniem się do nowej sytuacji. Ostatecznie podjęto decyzję o uczestnictwie w obradach Okrągłego Stołu. Strona solidarnościowa zgłaszała początkowo do udziału w rozmowach trzech studentów: Tomasza Ziemińskiego i Mariusza Kamińskiego z Warszawy oraz Jacka Protasiewicza z Wrocławia. Ostatecznie, przy głównym stole obrad nie zasiadł żaden przedstawiciel NZS, dla członków organizacji znalazły się miejsca tylko w tzw. podstolikach.
Ostatecznie, przy głównym stole obrad Okrągłego Stołu nie zasiadł żaden przedstawiciel NZS, dla członków organizacji znalazły się miejsca tylko w tzw. podstolikach.
Przebieg rozmów rodził obawę, że „Solidarność” wykorzysta NZS tylko jako kartę przetargową. Na spotkaniu na Uniwersytecie Wrocławskim w lutym 1989 r. Wałęsa pytany o stosunek do organizacji studenckiej zapewniał, że jest ona „trzecią nogą okrągłego stołu”. Wyniki rozmów nie były jednak satysfakcjonujące dla środowiska studenckiego, okazało się, że w najbardziej żywotnej dla NZS kwestii rejestracji, został on pozostawiony sam sobie.
Wobec „częściowo wolnych wyborów”
Najważniejszym ustaleniem Okrągłego Stołu było przeprowadzenie częściowo wolnych wyborów. Mimo wielu zastrzeżeń NZS wsparł kampanię wyborczą „Solidarności”. Jeszcze w jej trakcie miało miejsce posiedzenie Sądu Wojewódzkiego w Warszawie, który odrzucił wniosek o rejestrację NZS. Wzburzenie na sali było tak duże, że sędzia nie był w stanie ogłosić wyroku. Po rozprawie doszło do demonstracji i starć z milicją. W odpowiedzi na orzeczenie sądu rozpoczęto kolejną ogólnopolską akcję strajkową, która objęła 43 uczelnie w całym kraju. Grzegorz Schetyna tłumaczył:
„Chcieliśmy pokazać, że rejestracja NZS-u to jest poważny problem, że jest niezbędna. W sumie się to udało. Przekonaliśmy też „Solidarność”, która widziała nienormalność sytuacji, w której my jesteśmy zamknięci na uczelniach, a oni robią kampanię wyborczą”.
NZS wykonał jednak gest dobrej woli i zakończył strajk z dniem 31 maja, tak aby nie zaburzać przebiegu wyborów przewidzianych na 4 czerwca. W ten sposób zakończył się ostatni ogólnopolski protest studentów w PRL.
„…i po cóż nam to, że myśmy im nie dali tego…”
Problem rejestracji NZS nie został jednak zamknięty. Omawiano go na posiedzeniach rządu PRL. Na jednym z nich Jerzy Urban stwierdził:
„Studenci to jest przyszła inteligencja, przyszła kadra kierownicza, to są ci, którzy tak czy inaczej podzieleni w przeszłości na różne orientacje polityczne będą odgrywać istotną rolę w życiu kraju, i po cóż nam to, że myśmy im nie dali tego, czego oni w młodości pragnęli”.
Ostatecznie jednak komuniści nie zalegalizowali NZS, zostawiając problem kolejnemu rządowi, utworzonemu przez Tadeusza Mazowieckiego po zwycięskich dla „Solidarności” wyborach. Zrzeszenie zostało ostatecznie zarejestrowane 22 września 1989 r.
Gwóźdź do trumny NZS-u
Paradoksalnie to, o co walczył NZS, czyli wolność i demokracja, okazało się gwoździem do jego trumny.
Mimo wielu zastrzeżeń NZS wsparł kampanię wyborczą „Solidarności”. Jeszcze w jej trakcie miało miejsce posiedzenie Sądu Wojewódzkiego w Warszawie, który odrzucił wniosek o rejestrację NZS. Wzburzenie na sali było tak duże, że sędzia nie był w stanie ogłosić wyroku. Po rozprawie doszło do demonstracji i starć z milicją.
Na początku lat 90. przed Zrzeszeniem było kilka możliwości. Nie stało się ono jednak silną organizacją studencką z rozbudowaną bazą materialną. Nie zdecydowano się też na drogę obraną przez węgierski Fidesz, czyli przekształcenia ruchu studenckiego w partię polityczną. W efekcie po 1990 r. NZS nie odgrywał już ważniejszej roli, skupiając się na akcjach na rzecz środowiska studenckiego. Większy sukces osiągnęli ludzie wywodzący się z NZS, którzy w organizacji zdobywali pierwsze doświadczenie w działalności społecznej i politycznej. Można znaleźć ich mediach, administracji, biznesie, nauce oraz po różnych stronach obecnej sceny politycznej (np. Ryszard Czarnecki, śp. Przemysław Gosiewski, Marek Jurek, Mariusz Kamiński, Bogdan Klich, Jan Rokita, Grzegorz Schetyna, Bogdan Zdrojewski). Ich kariery świadczą o ogromnym potencjale tego środowiska. Nie został on jednak spożytkowany na rzecz budowy polskiego Fideszu.