Wielkim trudem i ofiarną pracą współbraci, parafian i anonimowych darczyńców usuwano skutki tragicznego pożaru, który 7 lipca 1980 r. strawił większą część dachu kościoła i uszkodził przyległe doń budynki klasztorne. Zmaganie się z problemami budowlanymi nie było największym wyzwaniem, zwłaszcza że nadszedł czas stanu wojennego…
Duszpasterz „Solidarności”
W 1981 r. w mieście trwał karnawał „Solidarności”. Do zakrystii o. Siemińskiego zaczęli trafiać, z prośbą o pomoc, wsparcie i modlitwę robotnicy z Huty 1 Maja i górnicy w kopalni „Gliwice”, studenci i pracownicy Politechniki oraz liczni wierni. Dla każdego potrafił znaleźć czas. Dwoił się i troił by sprostać licznym prośbom. Był jednym z współtwórców religijnego odrodzenia się mieszkańców grodu nad Kłodnicą po sierpniu 1980 r. To dzięki niemu doszło do mszy polowej na Placu Krakowskim 3 maja 1981 r., w której wzięło udział prawie 50 tys. gliwiczan – jedna czwarta mieszkańców miasta. Wygłosił wówczas płomienne kazanie, w którym wystąpił przeciwko ateizacji młodzieży i ingerencji państwa w sferę sacrum.
Im bardziej nękano o. Siemińskiego, im częściej wzywano go w celu „złożenia stosownych wyjaśnień”, im częściej otrzymywał telefony i anonimy z pogróżkami, tym bardziej odmawiał.
Wbrew rozpowszechnianym przez funkcjonariuszy SB opiniom, jakoby był „wichrzycielem i osobą działającym poza prawem”, był legalistą. Na wiosnę 1982 r. zwrócił się z oficjalnym pismem do władz miasta o wydanie zgody na odprawienie kolejnej mszy na Placu Krakowskim. Trwał stan wojenny. Rządzący miastem nawet nie raczyli odpisać. Miejsce na modlitwę było, w ich przekonaniu, wyłącznie za murami świątyni.
Po 13 grudnia 1981 r. kościół Podwyższenia Krzyża Świętego stał się przystanią dla działaczy zdelegalizowanej „Solidarności”. Od pierwszych dni stanu wojennego o. Jan Siemiński organizował pomoc materialną, zachęcał do trwania w nadziei i wspierał wszystkich modlitwą. Od 1982 r. z jego inicjatywy rozpoczęły się słynne, czwartkowe msze za ojczyznę, po których odbywały się spotkania z ludźmi kultury, artystami, działaczami opozycji.
„Działania nękające”
Funkcjonariusze SB byli obecni na większości mszy, które celebrował. Jeśli nie mogli osobiście, instruowali tajnych współpracowników, którzy następnie szczegółowo relacjonowali usłyszane kazania. Te najważniejsze, podczas świąt lub czwartkowych mszy za ojczyznę, nagrywano na ukryte magnetofony i następnie starannie przepisywano na maszynie.
Im bardziej nękano o. Siemińskiego, im częściej wzywano go w celu „złożenia stosownych wyjaśnień”, im częściej otrzymywał telefony i anonimy z pogróżkami, tym bardziej odmawiał. Zastrzeżono mu możliwość wyjazdów zagranicznych. Gliwickie Duszpasterstwo Ludzi Pracy objęto działaniami operacyjnymi o kryptonimie „Krypta”. Od stycznia 1984 r. rozpoczęto stałą obserwację jego osoby, której nadano kryptonim „Lotos”. Śledzono jego każdy krok. Naprzeciwko kościoła, na ostatnim piętrze przychodni lekarskiej urządzono tzw. punkt zakryty – miejsce, z którego obserwowano co działo się wokół świątyni oraz wykonywano zdjęcia osób uczestniczących w spotkaniach. Drugim miejscem obserwacji była kawiarnia „Roma”, z okien której widać było dokładnie kto wchodził i wychodził przez klasztorną furtę.
Usunąć proboszcza
We wrześniu 1984 r. prezydent Gliwic Janusz Krajewski, wysłał do Wydziału ds. Wyznań przy Urzędzie Wojewódzkim pismo z prośbą o „wszczęcie postępowania w sprawie odwołania ks. Siemińskiego ze stanowiska proboszcza parafii św. Krzyża w Gliwicach i przeniesienie go na inny teren”. Do wniosku dołączona została charakterystyka o. Jana, wraz z fragmentami stenogramów jego kazań. Autorem kilkustronicowego opracowania dotyczącego działalności zakonnika był inspektor IV Departamentu SB kpt. Zbigniew Przytocki.
To dzięki niemu doszło do mszy polowej na Placu Krakowskim 3 maja 1981 r., w której wzięło udział prawie 50 tys. gliwiczan – jedna czwarta mieszkańców miasta. Wygłosił wówczas płomienne kazanie, w którym wystąpił przeciwko ateizacji młodzieży i ingerencji państwa w sferę sacrum
Na tej podstawie 17 września 1984 r. rozpoczęto działania mające na celu usunięcie o. Siemińskiego z parafii w Gliwicach. Pisma w tej sprawie, przygotowane w Wydziale ds. Wyznań, wysłano m.in. do biskupa diecezji opolskiej ks. Alfonsa Nossola i do prowincjała zakonu Redemptorystów w Warszawie. Adresaci nie dopatrzyli się jednak w działaniach zakonnika czynów wykraczających poza powinności kapłana i oddalili zarzuty urzędników. Wściekłość władz wywołała audycja nadana 9 stycznia 1985 r. przez radio „Wolna Europa”, w którym jego nazwisko padło w kontekście szykanowania księży rzymskokatolickich w Polsce.
Utrudnić odbudowę
Imano się wszystkich metod, by zaszkodzić księdzu i kierowanej przez niego parafii. W kwietniu 1985 r. szef Wydziału ds. Wyznań w porozumieniu z prezydentem miasta Gliwice zawrócili się do Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Katowicach z prośbą o wstrzymanie dotacji ze środków Ministerstwa Kultury i Sztuki przeznaczonych na remont spalonego klasztoru i kościoła. Zresztą władze miasta już od dłuższego czasu utrudniały odbudowę, tłumacząc się za każdym razem brakiem materiałów. Kiedy władza odmawiała, z pomocą przychodzili wierni. Ze składek i darowizn kupowano niezbędne materiały, a wielu parafian pracowało bezpłatnie i po godzinach. Remont trwał ponad dziesięć lat i zakończył się już po upadku komunizmu.
Niezłomny redemptorysta nie przestraszył się szykan i pogróżek i przeprowadził swoją parafię przez trudne lata 80. Zmarł 7 lipca 2004 r. W 2007 r. Prezydent RP Lech Kaczyński odznaczył go pośmiertnie Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.