Negocjacje
Strona rządowa wstępnie przyjęła tą propozycję, ale jej reprezentanci apelowali, by działalność papieża w Polsce była obliczona na pomoc w przezwyciężaniu kłopotów, przed którymi stoi naród i by wystąpienia papieża nie konfliktowały Polski z krajami socjalistycznymi i nie dały Zachodowi powodu do atakowania Polski. Na kolejnym posiedzeniu Komisji Wspólnej 20 marca 1986 okazało się, że kością niezgody między władzami, a Kościołem był pobyt Jana Pawła II w Gdańsku. Strona kościelna była jednak stanowcza i ostatecznie portowe miasto znalazło się w planie wizyty.
Reprezentanci strony rządowej apelowali, by działalność papieża w Polsce była obliczona na pomoc w przezwyciężaniu kłopotów, przed którymi stoi naród i by wystąpienia papieża nie konfliktowały Polski z krajami socjalistycznymi i nie dały Zachodowi powodu do atakowania Polski.
Potwierdzenie uzgodnień z grudniowego spotkania nastąpiło w czasie wizyty W. Jaruzelskiego w Watykanie 17 stycznia 1987 r. na audiencji u Jana Pawła II. Władze wykorzystały to spotkanie do eksponowania swoich propagandowych celów, niemniej jednak jego efektem było również przyspieszenie rozmów prowadzonych w Komisji Wspólnej na temat pielgrzymki. Kluczowe uzgodnienia zapadły w trakcie posiedzenia tego gremium z 9 lutego. Zgodnie z nim Ojciec Święty w dniach 8-14 czerwca miał odwiedzić: Warszawę, Częstochowę, Gdańsk, Kraków, Lublin, Łódź, Szczecin i Tarnów.
Władze centralne
Politykę władz w czasie pielgrzymki, podobnie jak w okresie dwóch poprzednich wizyt, kreowały najwyższe organy partii, na czele z pierwszym sekretarzem. Podobnie jak wtedy najważniejszą rolę wykonawczą w przygotowaniach władz do pielgrzymki Ojca Świętego pełniło MSW, a w jego ramach SB. Koordynacją oficjalnych przygotowań do wizyty Jana Pawła II kierował, zgodnie z decyzją Biura Politycznego KC PZPR, tzw. centralny zespół, w skład którego weszli również przedstawiciele Kościoła. MSW z kolei, rozpoczęło przygotowania do wizyty już pod koniec 1986 r. W Warszawie powołano centralny sztab do zabezpieczenia III wizyty papieskiej. Operacji nadano kryptonim ,,Zorza II”. Kierownikiem sztabu został Zbigniew Pudysz, który miał za zadanie koordynację przedsięwzięć realizowanych przez poszczególne struktury MSW.
Operacja „Zorza II” w Krakowie
W Krakowie podobnie jak w innych województwach, w których miał przebywać Jan Paweł II powołano Wojewódzki Sztab Polityczny odpowiedzialny za przygotowania do wizyty. Przewodniczył mu I sekretarz KK PZPR, zaś podporządkowany mu był Zespół Koordynacyjny ds. wizyty Papieża Jana Pawła II.
Politykę władz w czasie pielgrzymki, podobnie jak w okresie dwóch poprzednich wizyt, kreowały najwyższe organy partii, na czele z pierwszym sekretarzem. Podobnie jak wtedy najważniejszą rolę wykonawczą w przygotowaniach władz do pielgrzymki Ojca Świętego pełniło MSW, a w jego ramach SB.
W województwie krakowskim sztab operacji ,,Zorza II” powołano 30 stycznia 1987 r. decyzją nr 01/87 szefa WUSW Jerzego Gruby. Jego kierownikiem został Piotr Kościelniak, szef miejscowej SB. W ,,zabezpieczanie” wizyty, podobnie jak w czasie poprzedniej pielgrzymki, zaangażowany był cały miejscowy aparat bezpieczeństwa, któremu podporządkowana była również MO. Sztab miał realizować zadania, takie jak:
1. Organizowanie działań operacyjno - rozpoznawczych związanych z przyjazdem papieża, w tym zwłaszcza rozpoznawanie zamierzeń dot. wykorzystania pobytu papieża w Polsce do celów sprzecznych z interesem PRL.
2. Organizowanie operacyjnego i prewencyjnego zabezpieczenia wizyty na terenie województwa krakowskiego, w tym zapewnienie bezpieczeństwa osobistego papieżowi.
3. Organizowanie i podejmowanie niezbędnych przedsięwzięć zapobiegawczych przeciwdziałających wrogim zamierzeniom związanych z przyjazdem i pobytem papieża na terenie województwa krakowskiego.
4. Wypracowywanie ogólnych i szczegółowych koncepcji, taktyki oraz planów działań związanych, z przebiegiem wizyty i osobistym bezpieczeństwem papieża na terenie wojew. Krakowskiego.
16 II 1987 szef krakowskiego Sztabu P. Kościelniak sformułował Wytyczne w oparciu, o które miał funkcjonować miejscowy WUSW. Zgodnie z nimi do najważniejszych zadań SB w czasie wizyty należało:
1. Odcinanie Kościoła od wszelkich inicjatyw przeciwnika politycznego, mających na celu upolitycznienie wizyty lub wypaczenia jej religijnego charakteru.
2. Wytworzenie przekonania wśród hierarchii kościelnej i kleru, że tylko odpowiedzialna i zgodna współpraca z władzami na różnych szczeblach, pozwoli na niezakłócony przebieg wizyty.
3. Wykorzystanie płaszczyzny przygotowań do dalszego umacniania agenturalnego i pogłębionego rozpoznania grup i środowisk w tym szczególnie opozycyjnych celem neutralizowania politycznie negatywnych inicjatyw, zamiarów i działań.
Specjalną strukturą powołaną na czas III wizyty Jana Pawła II w Krakowie była powołana w lutym 1987 grupa oficerów z miejscowego sztabu WUSW do nawiązania roboczych kontaktów z przedstawicielami diecezjalnego Komitetu organizacyjnego. W jej skład wchodzili: Z. Majka, Bogdan Białk (naczelnik Wydziału Ruchu Drogowego), Zenon Śliwa (naczelnik Wydz. Prewencji) i Bronisław Michaliszyn (doradca Szefa WUSW ds. Operacji ,,Zorza II”). Utworzona grupa miała mieć w rozmowach decydujący głos w kwestii programu wizyty, stawiania warunków odpowiedzialnym za przygotowania, egzekwowania zadań wiążących sic, z bezpieczeństwem życia i zdrowia papieża oraz zapewnienia ładu i porządku publicznego.