Po wybuchu II wojny światowej musiał przerwać naukę. Zajmował się wtedy pracą dorywczą – trwało to do sierpnia 1943 r., kiedy trafił na roboty przymusowe do Austrii. W kwietniu 1945 r. w Wiedniu działał pod ps. „Frytz/Fritz” w kierowanej przez Komunistyczną Partię Austrii konspiracyjnej organizacji Befreiungsfront („Front Wyzwolenia”). Zajmował się głównie kolportażem prasy podziemnej.
Z PPR do Informacji Wojskowej
Po zakończeniu wojny wrócił do rodzinnej wsi i zamieszkał u rodziców. W tym czasie wstąpił do PPR, która skierowała go do swojej Centralnej Szkoły w Łodzi, gdzie od 28 czerwca do 7 listopada 1945 r. uczęszczał na zajęcia. Po ukończeniu kursu został powołany do „odrodzonego” WP i oddelegowany na dwumiesięczny kurs przy Wyższej Szkole Oficerów Polityczno-Wychowawczych.
Od 18 grudnia 1945 r. trafił do Informacji Wojskowej jako oficer informacji – najpierw służył w Oddziale II, następnie w Sekcji I Wydziału II, ponownie w Oddziale II i Samodzielnej Sekcji Oddziału II – w tym czasie oddelegowano go do ministerstwa spraw zagranicznych i wysłano do Konsulatu Generalnego w Londynie. Tam pełniąc funkcję referenta ds. repatriacji wojskowych, rozpracowywał środowisko byłych żołnierzy PSZ na Zachodzie.
Do kraju wrócił 14 sierpnia 1947 r. i w dalszym ciągu brał udział w rozpracowaniu byłych żołnierzy PSZ. W tym celu został nawet wysłany służbowo do Szczecina w sprawie gen. Mieczysława Boruty-Spiechowicza, który zdecydował się na powrót do kraju.
W latach 1946–1952 Kiszczak brał bezpośredni udział w zwalczaniu zbrojnych ugrupowań niepodległościowych i oddziałów UPA. Jednocześnie ukończył w tym czasie dwutygodniowy Kurs Doskonalenia Oficerów w Oficerskiej Szkole Informacji.
Na ścieżce kariery
W czerwcu 1951 r. został mianowany p.o. szefa Wydziału Informacji 18. Dywizji Piechoty w Ełku, a następnie, od listopada 1952 r., przeniesiony na szefa Wydziału III w Okręgowym Zarządzie Informacji nr 1. Od 1 września 1953 r. przekazany do dyspozycji ministra obrony narodowej, a następnie skierowany na stanowisko kierownika jednej z sekcji Departamentu Finansów MON. Od lipca 1954 r. rozpoczął naukę jako słuchacz w Wyższej Szkole Piechoty, a następnie, wskutek jej rozformowania został kursantem Fakultetu Ogólnowojskowego w ASG.
Kiszczaka, jako młodego i zdolnego, dostrzegł z czasem Wojciech Jaruzelski. To dzięki jego protekcji został on zastępcą szefa WSW, szefem Zarządu II SG WP, szefem WSW i w końcu ministrem spraw wewnętrznych. Od 1973 r. już oficjalnie Jaruzelski zatwierdzał wszelkie jego nominacje.
Po ukończeniu akademii (17 maj 1957 r.) został skierowany do przekształconej z organów Informacji WP Wojskowej Służby Wewnętrznej i mianowany na stanowisko szefa Oddziału II Zarządu I Szefostwa WSW. Oddział ten zajmował się tzw. pracą z pozycji zagranicy, czyli rozpracowywaniem wywiadów państw kapitalistycznych poza granicami PRL.
We wrześniu 1959 r. został szefem Oddziału WSW Marynarki Wojennej w Gdańsku, a od marca 1965 r. wyznaczono go na szefa Zarządu WSW Śląskiego Okręgu Wojskowego we Wrocławiu. Od lipca 1967 r. powołany został na funkcję zastępcy szefa WSW.
Podczas inwazji wojsk Układu Warszawskiego na Czechosłowację w 1968 r. Kiszczak sprawował kontrolę nad Zarządem WSW 2. Armii (przeformowany na ten czas z Zarządu WSW SOW). Jednostka ta była odpowiedzialna za osłonę 2. Armii WP, która prowadziła działania na terenie okupowanej Czechosłowacji.
Na szczytach władzy
Od stycznia 1973 r. Kiszczak został mianowany szefem Zarządu II Sztabu Generalnego WP (wywiad wojskowy). W tym czasie został także słuchaczem dwumiesięcznego kursu operacyjno-strategicznego w Akademii Sztabu Głównego Sił Zbrojnych ZSRS. Szefem WSW został w kwietniu 1979 r. Do lipca 1981 r. kiedy objął funkcję ministra spraw wewnętrznych. W tym czasie dążył do zacieśnienia współpracy między MSW z WSW. Z tego chociażby względu podpisał umowę o przekazywaniu sobie nawzajem tajnych współpracowników.
Kiszczaka, jako młodego i zdolnego, dostrzegł z czasem Wojciech Jaruzelski. To dzięki jego protekcji został on zastępcą szefa WSW, szefem Zarządu II SG WP, szefem WSW i w końcu ministrem spraw wewnętrznych. Od 1973 r. już oficjalnie Jaruzelski zatwierdzał wszelkie jego nominacje.
***
Lata, kiedy Kiszczak pełnił funkcję szefa wywiadu, a następnie kontrwywiadu wojskowego, osławione są serią spektakularnych porażek. W tym czasie na Zachód uciekli płk Ryszard Kukliński, kpt. Jerzy Sumiński, płk Włodzimierz Ostaszewicz i wielu innych. Osłona najważniejszych instytucji wojskowych i samych służb po prostu nie działała. Ujawnione przez uciekinierów zostały struktury wywiadu i kontrwywiadu wojskowego, dane oficerów obu służb, w tym także pracujących pod tzw. przykryciem oraz plany ofensywne Układu Warszawskiego względem Europy Zachodniej.