Mimo to działania wojenne rozpoczęły się na tym terenie dopiero 12 września 1939 r., gdy na Przełęczy Łupkowskiej przystąpili do akcji niemieccy strzelcy górscy. Polacy wysadzili tunel kolejowy i odeszli na północny-wschód.
W 1940 r. Sowieci deportowali na wschód część polskich nauczycieli i urzędników z rodzinami. Mieszkających na pograniczu rolników działania te nie objęły. Dotyczył ich jedynie system przymusowych dostaw płodów rolnych.
Pod okupacją sowiecką
Niemcy nie pozostali w Bieszczadach długo. Ziemie na wschód od Sanu przekazano Sowietom. Ci przystąpili do umacniania granicy. Na wzgórzach doliną Sanu powstał system betonowych schronów bojowych.
Siedzibą władz administracyjnych rajonu pozostało Lesko. W 1940 r. Sowieci deportowali na wschód część polskich nauczycieli i urzędników z rodzinami. Mieszkających na pograniczu rolników działania te nie objęły. Dotyczył ich jedynie system przymusowych dostaw płodów rolnych.
Rozwinął się przemyt. Przez granicę na Sanie przerzucano konspiratorów, uchodźców oraz byłych żołnierzy wracających do domów w centralnej Polsce lub na Kresach. W drugiej połowie 1940 r. przez granicę przechodziły przeszkolone i wyposażone przez Abwehrę bojówki Organizacji Ukraińskich Nacjonalistów, które posuwały się do otwartych ataków na patrole NWKD i przebijania się siłą na sowiecką Ukrainę.
22 czerwca 1941 r. tereny dawnego powiatu leskiego zostały błyskawicznie zajęte przez jednostki Wehrmachtu prowadzone przez ukraińskich przewodników. Jedynie wokół schronów bojowych nad Leskiem toczyły się przez kilkadziesiąt godzin walki zakończone wypaleniem umocnień z miotaczy płomieni. Ich obrońcy spłonęli wówczas żywcem na stanowiskach – Wehrmacht nie wziął tam ani jednego jeńca.
W Lesku mieściła się siedziba Landkomisariatu. Większość stanowisk administracyjnych powierzono Ukraińcom. Obsadzili oni także formacje policji pomocniczej. Równolegle funkcjonowały konspiracyjne struktury UPA.
W Generalnym Gubernatorstwie
Niemcy wcielili Bieszczady do Dystryktu Galicja Generalnego Gubernatorstwa. W Lesku mieściła się siedziba Landkomisariatu. Większość stanowisk administracyjnych powierzono Ukraińcom. Obsadzili oni także formacje policji pomocniczej. Równolegle funkcjonowały konspiracyjne struktury Ukraińskiej Powstańczej Armii. Legalnie działały struktury podległe Ukraińskiemu Centralnemu Komitetowi, formalnie organizacji charytatywnej zajmującej się opieką socjalną, działalnością gospodarczą (zorganizowano blisko 1000 różnego rodzaju spółdzielni) i akcją oświatową oraz krzewieniem ukraińskiego nacjonalizmu.
Niewielkim przejawem ożywienia gospodarczego była odbudowa przez Niemców tunelu pod Przełęczą Łupkowską ułatwiającego szybkie przerzucanie wojsk i zaopatrzenia z jednej strony Karpat na drugą.
Polska konspiracja, pozbawiona oparcia w ludności cywilnej, jedynie w Lesku, Baligrodzie i Czarnej zorganizowała słabe placówki. Ograniczono się do prowadzenia akcji wywiadowczej i drobnego sabotażu. Przez rejon Komańczy prowadził także jeden ze szlaków przerzutów granicznych na Węgry. Była to droga bardzo ryzykowna. Miejscowi Ukraińcy sprzedawali niemieckiej policji po 25-50 zł „od głowy” schwytanych Polaków.
Żydów zamknięto w getcie w Lesku. Zamknięto leską synagogę, a jej XVII-wieczne wnętrze obrabowano i zdewastowano. Synagoga w Baligrodzie została zamieniona na magazyn. Kirkut stał się swoistym kamieniołomem – Niemcy nakazali macewami wybrukować miejscowy rynek. W 1942 r. okupanci ostatecznie „rozwiązali problem żydowski”. Zdolnych do pracy wywieziono do obozu koncentracyjnego na Majdanku. Uznanych za niezdolnych do pracy wywieziono do obozów zagłady w Bełżcu, Sobiborze i Treblince. Chorych, starych i nie nadających się do transportu rozstrzeliwano na miejscu.
Od lata 1943 r. zmieniła się sytuacja polityczna. OUN nadal współpracowała z Niemcami i nawoływała do wstępowania w szeregi 14. Dywizji Strzelców SS „Hałyczyna”, ale jednocześnie nakazała ukraińskim policjantom dezercje i przechodzenie z bronią do oddziałów leśnych UPA.
Rok 1943
Od lata 1943 r. zmieniła się sytuacja polityczna. OUN nadal współpracowała z Niemcami i nawoływała młodych ludzi do wstępowania w szeregi 14. Dywizji Strzelców SS „Hałyczyna”, ale jednocześnie nakazała ukraińskim policjantom dezercje i przechodzenie z bronią do oddziałów leśnych UPA.
Późną jesienią 1943 r. rozpoczęły się mordy na Polakach. Niemcy pozostawali wobec nich obojętni, później próbowali tworzyć nieliczne i słabo uzbrojone posterunki polskiej policji.
Oddział partyzancki Mikołaja Kunickiego „Muchy”, składający się z Polaków z Wołynia, który przeszedł w Bieszczady pod naporem przesuwającego się ze wschodu frontu, podjął bezwzględną walkę z UPA, a także odwetowe akcje pacyfikacyjne w wioskach ukraińskich. Dołączyły do tych akcji sowieckie oddziały partyzanckie.
6 sierpnia 1944 r. UPA opanowała Baligród. Zamordowano 42 osoby. 16 sierpnia spalono Muczne, mordując 74 mieszkańców tej wsi. W Średniem Małym pod Otrytem wymordowano 30 osób z siedmiu polskich rodzin. Mordowano również Ukraińców, którzy próbowali Polaków ukrywać lub ostrzegać.
Przed „Burzą” – „oczyszczanie” Bieszczadów z Polaków
Do otwartych walk pomiędzy polską samoobroną i Armią Krajową a UPA doszło latem 1944 r. w masywie leśnym Chryszczatej. Przygotowując się do akcji „Burza”, Obwód Sanok AK zarządził tam koncentrację oddziałów. Teren był już opanowany przez ukraińskie sotnie i Polaków szybko wyparto w rejon Sanoka.
UPA sformowała tam trzy sotnie, dowodzone przez Włodzimierza Szczygielskiego „Burłakę”, Wasyla Szyszkanynecia „Bira” i NN „Puchacza”. Następnie utworzono z nich kureń w składzie trzech sotni NN „Ewhena”, „Burłaki” i NN „Bulby” oraz polowej żandarmerii „Puchacza”. Z czasem rozrósł się on do ok. 2000 ludzi zorganizowanych w 11 sotni. Trzy z nich skierowano w rejon Lutowisk i Ustrzyk Dolnych, gdzie z czasem utworzyły samodzielny kureń Petro Mykołenki „Bajdy”.
Kurenie te rozpoczęły akcję „oczyszczania” Bieszczadów z Polaków. 6 sierpnia 1944 r. UPA opanowała Baligród. Zamordowano 42 osoby. 16 sierpnia spalono Muczne, mordując 74 mieszkańców tej wsi. W Średniem Małym pod Otrytem wymordowano 30 osób z siedmiu polskich rodzin. Mordowano również Ukraińców, którzy próbowali Polaków ukrywać lub ostrzegać.
***
W sierpniu 1944 r. w Bieszczady ponownie wkroczyły jednostki Armii Czerwonej. Powoli wypierano oddziały Wehrmachtu za główny grzbiet Karpat. 18 października 1944 r. Niemcy wysadzili tunel pod Przełęczą Łupkowską. Sowieci nawet nie próbowali go odbudować – położyli tor kolejowy górą przez przełęcz. Był on jednak stromy i jego wykorzystanie było ryzykowne – jeden z transportów amunicji wykoleił się i doszło do eksplozji.
Późną jesienią 1944 r. Bieszczady stały się „ziemią niczyją”. UPA odeszła na wschód, wojska sowieckie na zachód. Formacje NKWD odwoływano na Ukrainę.