Urodzony 29 września 1891 roku w Warszawie, uczęszczał do IV rządowego gimnazjum męskiego, skąd w 1905 roku został usunięty za udział w strajku szkolnym w obronie języka polskiego. W latach 1911-14 studiował chemię na Uniwersytecie we Lwowie, następnie na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1914 roku przeniósł się do Monachium.
Pochodził ze spolonizowanej rodziny żydowskiej Berlinerblau. 30 czerwca 1920 roku major Jan Berlinerblau zmienił nazwisko na Jan Prot, używane w czasie pełnienia służby w Legionach Polskich, na co zezwolił Marszałek Piłsudski.
Studia przerwał wybuch wojny, dlatego we wrześniu 1914 roku wrócił do Krakowa. Od 1908 roku był członkiem Organizacji Bojowej PPS, następnie Związku Walki Czynnej i Związku Strzeleckiego. Podczas wojny służył w I Brygadzie Legionów, jako oficer został internowany w Benjaminowie. Wziął udział w wojnie polsko-bolszewickiej 1920 roku jako kapitan, pełniąc m. in. funkcję szefa sztabu 14 dyw. piechoty wielkopolskiej. W 1921 roku ukończył Wyższą Szkołę Wojenną w Warszawie. Ze stopniem majora przeszedł do rezerwy w 1924 roku.
Dyrektor fabryki prochu
Jan Prot pochodził ze spolonizowanej rodziny żydowskiej Berlinerblau. 30 czerwca 1920 roku major Jan Berlinerblau zmienił nazwisko na Jan Prot, używane w czasie pełnienia służby w Legionach Polskich, na co zezwolił Marszałek Józef Piłsudski. W 1922 roku ukończył Politechnikę Lwowską z tytułem inżyniera chemii fizycznej. Następnie, prowadził prace i badania w dziedzinie chemii i chemii fizycznej, jako starszy asystent prof. Ignacego Mościckiego, m. in. wziął udział, wraz z prof. Mościckim, w uruchomieniu ograbionej przez Niemców fabryki kwasu azotowego w Chorzowie. Prace badawcze z chemii fizycznej uwieńczył doktoratem z chemii na Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie, u profesora Stanisława Tołłoczki, w 1924 roku.
1 kwietnia 1927 roku został powołany na stanowisko Dyrektora Naczelnego Państwowej Wytwórni Prochu i Materiałów Kruszących w Pionkach (ówczesna nazwa Zagożdżon) pow. Kozienice, będącej w końcowym stadium budowy.
W 1935 roku przejął i w ciągu roku unowocześnił wytwórnię dymiącego kwasu siarkowego tzw. oleum w Kielcach, używanego do wyrobu bawełny strzelniczej i trotylu, zaś w latach 1937-39 budował oddział filialny – PWP w Krajowicach k. Jasła, gdzie w październiku 1939 roku miała ruszyć produkcja prochów nitroglicerynowych.
Dr inż. Jan Prot położył wielkie zasługi dla rozwoju Państwowej Wytwórni Prochu w Pionkach, pełniąc bez przerwy obowiązki dyrektora naczelnego, od jej oficjalnego uruchomienia w 1927 roku do pierwszych dni września 1939 roku. Jako dyrektor stale unowocześniał metody produkcyjne i poszerzał asortyment produkcji oraz kładł nacisk na rozwój prac badawczych, dzięki czemu oprócz laboratoriów na poszczególnych wydziałach Wytwórni, powstało Centralne Laboratorium Badawcze wraz ze Strzelnicą Balistyczną.
Pod kierownictwem dyrektora Prota PWP w Pionkach stała się jedną z największych w Europie fabryk prochu. O rozwoju PWP w latach 1927-1937 świadczy przeszło dwukrotny wzrost liczby jej pracowników z 1545 osób w 1927 roku do 3244 robotników i 298 pracowników umysłowych w 1937 roku. Obok produkcji prochów i materiałów wybuchowych w Pionkach prowadzono także badania nad produkcją bawełny z zastosowaniem celulozy drzewnej oraz ściśle tajne prace nad karabinem przeciwpancernym „Ur. wz. 35”.
Twórca Fabryki Celulozy w Niedomicach
Chcąc uniezależnić się od dostaw surowców z zagranicy, po uzyskaniu pomyślnych wyników badań, w latach 1934-37 dyrektor Prot zbudował i uruchomił w 1937 roku jako oddział filialny PWP w Pionkach, Fabrykę Celulozy w Niedomicach koło Tarnowa, produkującą wysokogatunkową celulozę drzewną, do wyrobu nitrocelulozy, potrzebną nie tylko do produkcji prochów, ale również dla przemysłu papierniczego. Z jego inicjatywy powstały dalsze filie Wytwórni. W 1935 roku przejął i w ciągu roku unowocześnił wytwórnię dymiącego kwasu siarkowego tzw. oleum w Kielcach, używanego do wyrobu bawełny strzelniczej i trotylu, zaś w latach 1937-39 budował oddział filialny – PWP w Krajowicach k. Jasła, gdzie w październiku 1939 roku miała ruszyć produkcja prochów nitroglicerynowych. Wszystkie te inwestycje były realizowane w ramach Centralnego Okręgu Przemysłowego, którego budowniczym był również dr inż. Jan Prot oraz kadra techniczna PWP Pionki.
Zasługi dra inż. Prota na polu działalności niepodległościowej przez dlugie lata nie były szerzej nieznane. Aby umożliwić ich poznanie szerszemu gronu odbiorców, w 2017 r. Instytut Pamięci Narodowej wydał drukiem jego biografię autorstwa Marka Wierzbickiego pt. "Z Polską pod rękę. Jan Prot (1891-1957)" i odbudowa niepodległego państwa polskiego.
We Francji i Wielkiej Brytanii
Wybuch wojny przekreślił te plany. W grudniu 1939 roku dyrektor Prot, jako kurier Związku Walki Zbrojnej, poprzez Słowację i Węgry przedostał się do Francji. Tam musiał bronić się przed oskarżeniami komisji powołanej do zbadania przyczyn klęski wrześniowej 1939 r., która zarzuciła mu działanie na szkodę PWP i nadużycia władzy. Został jednak oczyszczony z zarzutów i skierowany do budowy polskiego przemysłu zbrojeniowego we Francji.
Najpierw jednak w Paryżu zgłosił się do pracy w Laboratorium Chemii Nuklearnej College de France, kierowanym wówczas przez Fryderyka Joliot-Curie, gdzie kontynuował badania nad materiałami wybuchowymi. Po kapitulacji Francji przybył do Wielkiej Brytanii i podjął pracę w fabryce amunicji w Grandham jako superintendent. W 1945 roku podjął pracę naukową na Uniwersytecie w Edynburgu 1 uzyskując w 1948 roku brytyjski stopień naukowy doktora filozofii (PhD) w dziedzinie chemii. W latach 1945-48 wraz z kolegami chemikami przełożył na język polski podręcznik uniwersytecki chemii fizycznej A. Findlay’a. W styczniu 1949 r. został powołany do Polish University College w Londynie, gdzie na Wydziale Chemii prowadził wykłady i ćwiczenia laboratoryjne z chemii fizycznej. W 1950 roku uzyskał tytuł docenta. W latach 1950-56 wykładał fizykę, chemię i matematykę w katolickim St. Michael’s College w Herts. Następnie wykładał te same przedmioty w College w Woolwich pod Londynem. Przedwczesna śmierć przerwała Jego naukową działalność. Umarł 19 lipca 1957 roku w Londynie i został pochowany na cmentarzu w Brompton.
Dr inż. Jan Prot był członkiem Sekcji chemicznej Stowarzyszenia Techników Polskich w Wielkiej Brytanii. W Polsce Odrodzonej był odznaczony Krzyżem Orderu Virtuti Militari V klasy, Krzyżem Walecznych, Złotym Krzyżem Zasługi i innymi.