W Wiżajnach zlokalizowana była siedziba gminy, kościół ewangelicko-augsburski, synagoga, nieco sklepów i małych warsztatów rzemieślniczych. Bezpieczeństwa i szczelności granic pilnowała załoga posterunku Korpusu Ochrony Pogranicza wchodzącego w skład 24 Baonu KOP Sejny.
1 września ’39 i dni następne
Przygraniczne położenie spowodowało, że o wybuchu II wojny światowej mieszkańcy Wiżajn mogli przekonać się naocznie już 1 września 1939 r., gdyż tego dnia w godzinach porannych w okolicach miasteczka pojawiło się patrol ok. 30 żołnierzy niemieckich. Zostali jednak ostrzelani przez żołnierzy KOP rozmieszczonych na wzgórzu dominującym nad okolicą i po przecięciu kabla telefonicznego powrócili do Prus.
Po tym pierwszym kontakcie z wrogiem przez następne tygodnie miejscowość nie była niepokojona przez obce wojska. 17 września, po sowieckiej agresji na Polskę, Wiżajny opuścili żołnierze KOP i władze cywilne. W tej sytuacji 19 września powstał Komitet Straży Obywatelskiej, który poczuł się w obowiązku zapewnienia porządku i bezpieczeństwa.
Przygraniczne położenie spowodowało, że o wybuchu II wojny światowej mieszkańcy Wiżajn mogli przekonać się naocznie już 1 września 1939 r., gdyż tego dnia w godzinach porannych w okolicach miasteczka pojawiło się patrol ok. 30 żołnierzy niemieckich.
Na jego czele stanął proboszcz parafii rzymskokatolickiej ks. Stanisław Piotr Maciątek. Cieszył się on dużym szacunkiem i autorytetem nie tylko wśród katolickich mieszkańców gminy. Komitet rozpoczął działalność od zbiórki funduszy na potrzeby żon, których mężów zmobilizowano do polskiego wojska. Zebrana suma nie była wielka, ale interesująca jest lista darczyńców, na której znalazły się nazwiska nie tylko Polaków-katolików, ale także Żydów oraz podpis Alfreda Jaguckiego, pastor miejscowego kościoła ewngelicko-augsburskiego, którego znaczna część wiernych utożsamiała się z narodowością niemiecką. Komitet stał też na straży majątku państwowego i przeciwstawiał się samowolnej wycince lasów, a ksiądz osobiście ganił osoby złapane na takim czynie.
Sowieci i okupacja niemiecka
Względny spokój Wiżajn zakłócili 24 września żołnierze sowieccy, którzy przejechali czterema autami. Poza jednym wiecem, który zorganizowali na rynku, zajmowali się wyłącznie grabieżą żywności z okolicznych majątków ziemskich. 4 października Sowieci wyjechali z Wiżajn powrócili na Suwalszczyznę dopiero jesienią 1944 r.
Okupacja niemiecka w Wiżajnach zaczęła się 6 października 1939 r. Wkraczające wojska aresztowały proboszcza, ks. Maciątka, wikariusza, ks. Stanisława Wierzbickiego i innych domowników plebanii i pracowników parafii m.in. siostry felicjanki. Areszt był domowy i trwał do 18 października. Jego celem było zapewnieniu okupantowi zakładników, na wypadek polskiego oporu.
Z początkiem 1940 r. księdza Maciątka ponownie aresztowano i wysłano do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen, gdzie 27 czerwca zmarł z wycieńczenia. Do końca pozostał wierny Bogu odprawiając Msze św. nawet na walizce i w obozowych warunkach.
Stał się jednak także okazją do rozpoczęcia niemieckich grabieży, które były charakterystycznym zjawiskiem tej okupacji. Niemcy zajęli również większość pomieszczeń plebanii przeznaczając je na pokoje urzędu celnego. Nowy zarządca gminy, Gutzait, dał się poznać nie tylko jako okupant łasy na cudzą własność, bardzo przeszkadzała mu sama obecność kapłanów, dlatego starał się utrudnić im życie nawet drobnymi złośliwościami, jak zamknięcie bramki w murze okalającym kościół i zmuszenie księży do chodzenia do świątyni okrężną drogą.
Ksiądz Maciątek
Ksiądz Stanisław Maciątek został ponownie aresztowany 25 października 1939 r. i wraz z siostrami felicjankami wywieziony do aresztu w Suwałkach. Powodem aresztowania proboszcza były oskarżenia o ukrywanie broni, nawoływanie do zatruwania studni i wykorzystywania ambony do szerzenia nienawiści wobec Niemców. Siostrom zarzucano, że nosiły polskim żołnierzom posiłki oraz biły dzieci niemieckie w szkole. Wobec absurdalności oskarżeń zwolniono je 30 października, ale ks. Maciątka więziono do 11 listopada.
W tym czasie, mimo choroby żołądka, nie skarżył się na los, w przemyconych grypsach starał się zachować pogodę ducha i prosił niemal wyłącznie o wino i hostie, by móc odprawiać Msze św. Jego sytuacja nie była taka zła głównie dlatego, że wydatnej pomocy udzieliła mu p. Szczerbińska z Suwałk zapewniając posiłki i wymianę bielizny. Po zakończonym śledztwie ks. Maciątek wrócił do Wiżajn, ale niemieckie władze okupacyjne w osobie wspomnianego Gutzait’a ignorowały jego obecność kierując korespondencję urzędową i nakazy do ks. Wierzbickiego, wikariusza.
Najgorszy los spotkał wiżajńskich Żydów. Niemcy w listopadzie 1939 r. wygnali ich z domów i ulokowali w obozie na brzegu jeziora, pod gołym niebem. Mimo zakazu Polacy przynosili im żywność, ale niewiele to pomogło, bo po dwóch tygodniach Niemcy przepędzili Żydów przez granicę z Litwą i tam najprawdopodobniej zamordowali.
19 września powstał Komitet Straży Obywatelskiej, który poczuł się w obowiązku zapewnienia porządku i bezpieczeństwa. Na jego czele stanął proboszcz parafii rzymskokatolickiej ks. Stanisław Piotr Maciątek. Cieszył się on dużym szacunkiem i autorytetem nie tylko wśród katolickich mieszkańców gminy.
Z początkiem 1940 r. księdza Maciątka aresztowano po raz kolejny i wysłano do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen, gdzie 27 czerwca zmarł z wycieńczenia. Do końca pozostał wierny Bogu odprawiając Msze św. nawet na walizce i w obozowych warunkach. W czasach powszechnego zwątpienia po klęsce wrześniowej zachował wiarę w odzyskanie przez Polskę wolności i starał się umacniać nadzieję współwięźniów, choć sam miał świadomość, że tego momentu nie doczeka.
Po aresztowaniu i uwięzieniu proboszcza opiekę nad parafią i wiernymi roztoczył ks. Stanisław Wierzbicki. Jeszcze w 1940 r. został wygnany z plebanii i zmuszony do zamieszkania w jednym z pokojów w prywatnym domu. Jesienią tego roku w Wiżajnach Niemcy utworzyli obóz pracy dla Polaków, którzy w narazili się władzy. Tam ich bito i upokarzano. Nie oszczędzono nawet pastora ewangelickiego, którego najpierw wygnano z plebanii a potem zagrożono wcieleniem do niemieckiej armii. Pastor uniknął tego losu ale musiał opuścić parafię. Księdza Wierzbickiego władze niemieckie również namawiały do przeniesienia się do Generalnego Gubernatorstwa, jednak odrzucił taką możliwość. Pozostał ze swymi parafianami aż do zakończenia wojny znosząc cierpliwie jeszcze wiele innych szykan ze strony okupantów.