Celem tej Komisji było zbadanie 93 przypadków niewyjaśnionych zgonów, które zostały wymienione przez Komitet Helsiński oraz innych przypadków zgonów, w których istniało podejrzenie ich związku z działalnością funkcjonariuszy MSW, które miały miejsce po 12 grudnia 1981 r. W trakcie prac Komisja ustaliła, że dochodziło do naruszeń prawa nie tylko w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych, ale także i Wojskowej Służbie Wewnętrznej, która pełniła funkcję kontrwywiadu wojskowego.
Podkomisja Janusza Okrzesika
Jan Maria Rokita w 1990 r. zwrócił się do prezydiów Sejmowej Komisji Administracji i Spraw Wewnętrznych oraz Komisji Obrony Narodowej z prośbą o powołanie podkomisji, która miała zbadać działalność byłej Wojskowej Służby Wewnętrznej (WSW). Zespół tworzyło pięć osób, m.in. posłowie Janusz Okrzesik oraz Jarosław Kapsa. Sekretarzem podkomisji był Maciej Klepacz, który nie był posłem (w latach 2010–2015 zastępca szefa Centralnego Biura Antykorupcyjnego).
Podkomisja miała dostęp do informacji o niektórych działaniach operacyjnych funkcjonariuszy WSW, ale dostęp ten był limitowany i ograniczany przez ówczesne kierownictwo MSW. Podkomisja nie miała wglądu do dokumentacji finansowej, ani uprawnień śledczych.
Na przewodniczącego podkomisji wybrano najmłodszego posła – Janusza Okrzesika, który wtedy miał 26 lat. Wybór nie był przypadkowy. Osobę Okrzesika zaproponował Jan Maria Rokita, który znał go z działalności w Ruchu Wolność i Pokój, w którym działali także Jarosław Kapsa oraz Maciej Klepacz. Ponadto Okrzesik wtedy był przewodniczącym komisji weryfikującej funkcjonariuszy SB w województwie bielskim, a Jarosław Kapsa – członkiem Centralnej Komisji Kwalifikującej b. funkcjonariuszy SB do pracy w MSW i służbach podległych.
Podkomisja Nadzwyczajna do zbadania działalności byłej Wojskowej Służby Wewnętrznej formalnie spotkała się w pełnym składzie cztery razy. Posiedzenia odbywały się na terenie Sejmu. Część członków podkomisji spotkała się z funkcjonariuszem WSW, ujawniającymi informacje o przestępczej działalności szefostwa służby, poza parlamentem.
Podkomisji udostępniono dokumentację dotyczącą przekształceń struktury, zmian personalnych, sposobów działania WSW, wewnętrznych postępowań związanych z niszczeniem materiałów archiwalnych. Podkomisja miała także dostęp do informacji o niektórych działaniach operacyjnych funkcjonariuszy WSW, ale dostęp ten był limitowany i ograniczany przez ówczesne kierownictwo MON. Podkomisja nie miała wglądu do dokumentacji finansowej, ani uprawnień śledczych. Warto podkreślić, że żaden z członków podkomisji nie był poddawany procedurze sprawdzeniowej przed dostępem do informacji niejawnej.
Struktura raportu
Podkomisja swoje prace zakończyła 3 kwietnia 1991 r. przedkładając komisjom sejmowym Administracji i Spraw Wewnętrznych oraz Obrony Narodowej do zatwierdzenia raport, który później funkcjonował pod skrótową nazwą „Raport Okrzesika”. Ponadto skierowano wnioski o ukaranie osób odpowiedzialnych za niszczenie archiwów WSW, a także przedstawiono wniosek o stworzenie systemowej kontroli parlamentarnej nad działalnością służb specjalnych.
Sam Raport koncentrował się na działalności kontrwywiadu wojskowego, a marginalnie zajmował się zagadnieniem żandarmerii wojskowej. W pierwszej części opisano podstawy prawne działalności WSW, podkreślając, że nie zachował się rozkaz ministra obrony narodowej z 1957 r., który powoływał tę strukturę. Ta uwaga okazała się nieprawdziwa, gdyż taki dokument zachował się i został opublikowany w edycji źródeł Instrukcje pracy kontrwywiadowczej Wojskowej Służby Wewnętrznej wraz z instrukcjami prowadzenia dokumentacji i ewidencji (1957–1990), w opracowaniu B. Kapuściaka.
Autorzy Raportu dość dużo miejsca poświęcili roli, jaką odegrał ostatni szef WSW, gen. Edmund Buła. Według członków podkomisji, miał on duży udział w nieprawidłowościach, jakie miały miejsce w WSW. Następnym zagadnieniem poruszonym w Raporcie było niszczenie dokumentów po byłej WSW.
Podkomisja uważała, że główną przyczyną nieprawidłowości był brak kontroli parlamentarnej. Zaproponowali utworzenie w parlamencie stałej komisji nadzorującej służby specjalne.
Druga część raportu to próba oceny sytuacji po rozwiązaniu WSW w sierpniu 1990 r.
W części trzeciej podkomisja zawarła wnioski. Głównie dotyczyły struktury kontrwywiadu, gdzie zaproponowano odejście od struktury terytorialnej na rzecz struktury funkcjonalnej. Także zwrócono uwagę na ryzyko konfliktu między kadrą młodszych i starszych oficerów. Młodsi pozytywnie oceniali zmiany zachodzące w wojskowych służbach specjalnych oraz obawiali się, że starsi oficerowie mogą współpracować z wywiadami byłych państw socjalistycznych.
Na koniec podkomisja uważała, że główną przyczyną nieprawidłowości był brak kontroli parlamentarnej. Zaproponowali utworzenie w parlamencie stałej komisji nadzorującej służby specjalne. Do koncepcji utworzenia komisji ds. kontroli służb specjalnych powrócono dopiero w 1997 r.
Publikacja
Raport Okrzesika pozostawał niejawny do 16 lutego 2007 r. W tym dniu ukazał się jako załącznik do Raportu o działaniach żołnierzy i pracowników WSI oraz wojskowych jednostek organizacyjnych realizujących zadania w zakresie wywiadu i kontrwywiadu wojskowego przed wejściem w życie ustawy z dnia 9 lipca 2003 r. o Wojskowych Służbach Informacyjnych wykraczających poza sprawy obronności państwa i bezpieczeństwa Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej.
Opublikowany Raport Okrzesika okazał się niepełny. Zabrakło punktu 3. z części III zatytułowanego „Wnioski końcowe”. Tym wnioskiem końcowym był postulat utworzenia zewnętrznego mechanizmu kontroli nad wojskowymi organami kontrwywiadu. Zaproponowała wykorzystanie doświadczeń innych państw (takich jak Stany Zjednoczone czy Węgry).
Brak tego punktu w Raporcie o WSI wynikał z tego, że powstały dwa egzemplarze Raportu Okrzesika. Jeden był przechowywany w Protokołach Komisji Obrony Narodowej, a drugi w Protokołach Komisji Administracji i Spraw Wewnętrznych. Pełny tekst zachował się w Komisji Administracji i Spraw Wewnętrznych.
