25 września 1938 r. Kuraś został przeniesiony do rezerwy i powrócił do rodzinnego Waksmundu. W przededniu wybuchu wojny uczestniczył jeszcze w dodatkowych ćwiczeniach wojskowych, a 24 sierpnia 1939 r. został zmobilizowany i wcielony do szeregów 1. Pułku Strzelców Podhalańskich z Nowego Sącza.
Od 1 września 1939 r. przyszły partyzant walczył w stopniu kaprala w wojnie obronnej Polski. Wraz z całym 1. PSP bronił granic Polski przed najazdem wojsk niemieckich i słowackich na południowym odcinku frontu. Uniknął niewoli i w październiku 1939 r. powrócił na Podhale, gdzie bardzo szybko zaangażował się w działalność konspiracyjną w Organizacji Orła Białego, która w tym rejonie Polski stała się podstawą struktur Związku Walki Zbrojnej. Przysięgę w ZWZ złożył już w marcu 1940 r. W tym samym roku przypadkowo aresztowany przez niemiecki patrol, rozbroił wartownika i uciekł z aresztu. W 1941 r. przystąpił do powiązanej z ZWZ i konspiracyjnym Stronnictwem Ludowym „Roch” podhalańskiej organi zacji niepodległościowej pod nazwą Konfederacja Tatrzańska, stawiającej sobie za cel obronę polskości i honoru góralszczyzny, której wizerunek zszargali kolaboranci i orędownicy idei Goralenvolku pokroju Wacława Krzeptowskiego. Konfederacja Tatrzańska była regionalną organizacją, podkreślającą jednak przywiązanie do władz RP na Wychodźstwie. Należało do niej równolegle wielu ludzi związanych ze strukturami konspiracyjnymi ruchu ludowego oraz ZWZ - AK. Kuraś, pod pseudonimem „Orzeł”, był w jej szeregach dowódcą wypadowej grupy dywersyjnej.
Po rozbiciu Konfederacji przez Niemców podkomendni Józefa Kurasia stali się trzonem jednego z pierwszych oddziałów partyzanckich Armii Krajowej na Podhalu – o kryptonimie „Wilk”. Dowodzili nim kolejno: por. Władysław Szczypka „Lech”, ppor. Jan Stachura „Adam” i por. Krystyn Więckowski „Zawisza”. Kuraś pełnił funkcję szefa oddziału, został też awansowany do stopnia plutonowego. W odwecie za działalność par tyzancką 29 czerwca 1943 r. Niemcy zamordowali jego siedemdziesięcio trzyletniego ojca, żonę Elżbietę oraz dwuletniego synka Zbyszka. Ciała pomordowanych i cały dom oblano benzyną i podpalono, zabraniając ludziom gaszenia pożaru. Dla upamiętnienia tej zbrodni przyjął pseudo nim „Ogień”.
Pod rozkazami „Lecha” i „Adama” Kuraś uczestniczył w wielu akcjach oddziału „Wilk”. W końcu grudnia 1943 r., w czasie nieobecności dowódcy, Niemcy zaskoczyli partyzantów i rozbili ich obóz. W walce zginęło dwóch ludzi. „Ogień”, który dowodził oddziałem w zastępstwie „Zawiszy”, został przez niego obarczony pełną odpowiedzialnością za te wydarzenia. Mimo wysyłanych przez Kurasia raportów do Komendy Okręgu AK Kraków i próśb o szczegółowe śledztwo „Zawisza” wydał podkomendnym rozkaz zastrzelenia „Ognia”. W takiej atmosferze wiosną 1944 r. „Ogień” znalazł się poza szerega mi AK, otrzymał jednak stosunkowo szybko propozycję sformalizowania współpracy z ludowcami, współtworzącymi cywilny pion Polskiego Państwa Podziemnego. Przyjął ją. Jego oddział został wówczas zakwalifikowany jako Oddział Specjalny Ludowej Straży Bezpieczeństwa, czyli zbrojnej formacji konspiracyjnego Stronnictwa Ludowego „Roch” w powiecie nowotarskim.
