Zabitych górników i razem z nimi Janka zomowcy przewieźli do szpitala w Katowicach-Szopienicach. Ciała złożyli na stertę z żyjącym jeszcze Jankiem na wierzchu. Widząc, że rusza się, próbowali dobić go pałkami milicyjnymi. Później pracownicy szpitala, którzy zauważyli, że Janek żyje, przenieśli go w celu wykonania operacji. Zabieg przeprowadził lekarz niebędący neurochirurgiem. Niezwykłość sytuacji tego dnia spowodowała pewien chaos – do Centralnego Szpitala Górniczego (CSG) w Katowicach-Ochojcu przywieziono górników wymagających pomocy neurochirurgów (a ci byli w Centralnym Szpitalu Klinicznym Śląskiej Akademii Medycznej w Katowicach-Ligocie). Z Ligoty do Ochojca pojechał więc pełny zespół operacyjny – docent Bażowski, doktor Jerzy Stasiak i instrumentariuszka siostra Grażyna Bargieł – który zastąpił przy stole operacyjnym ortopedę! W dniu 19 grudnia 1981 r. przewieziono Janka do CSG w Ochojcu. Mimo intensywnego leczenia, w tym zabiegu chirurgicznego wykonanego przez doktora Stasiaka, Janek zmarł 25 stycznia 1982 r. Sąd Okręgowy w Katowicach w uzasadnieniu wyroku z dnia 31 maja 2007 r. tak określił bezpośrednią przyczynę jego śmierci: „wskutek przestrzału mózgoczaszki z kanałem uszkadzającym obie półkule mózgu powyżej spoidła wielkiego powodującym powikłania ropne”.
Jego matka, Janina Stawisińska, na wieść o pacyfikacji kopalni, przyjechała do Katowic, aby odszukać syna. Odnalazła go w szpitalu, zatrudniła się tam jako salowa, aby być przy nim, aż do śmierci. Przez 25 lat walczyła o prawdę w sprawie „Wujka”, jeżdżąc na wszystkie rozprawy dotyczące sprawców winnych tragedii.
