W przemówieniu biskup zaapelował do społeczeństwa o pracę na rzecz wzmocnienia obronności kraju na wypadek wojny oraz ponowił apel Episkopatu Polski o modlitwę o pokój. Hierarchia Kościoła katolickiego zdawała sobie bowiem sprawę, że obrona państwa będzie równoznaczna z obroną wiary i swobód religijnych. Efektem odezwy bp. Jasińskiego było zebranie przez mieszkańców województwa łódzkiego 12 mln zł na dozbrojenie armii.
„Duchowy przywódca cywilnego ruchu oporu”
W drugim apelu, wygłoszonym 27 sierpnia 1939 r., ordynariusz łódzki zachęcał do obrony ojczyzny i wiary. Kolejne przemówienie do mieszkańców Łodzi bp Jasiński wygłosił w miejscowej rozgłośni Polskiego Radia 5 września 1939 r., a więc już po ewakuacji cywilnych władz miasta. Przemówienie to nacechowane było dużą dozą patriotyzmu, biskup nawoływał w nim do stawiania oporu wrogowi niemieckiemu. Porównał wówczas atak III Rzeszy na Polskę do najazdów krzyżackich. Mowę swą zakończył słowami:
„Polacy powrócą do domów z krzyżami na piersiach lub krzyże będą zatknięte na ich mogiłach”.
Apel bp. Jasińskiego odbił się szerokim echem w Europie, a nuncjusz apostolski Cesare Orsenigo w liście z 21 lutego 1940 r. do sekretarza stanu kard. Luigiego Maglionego poinformował papieża o treści przemówienia. Określił wówczas bp. Jasińskiego mianem duchowego przywódcy cywilnego ruchu oporu. Przemówienie to było dla mieszkańców regionu łódzkiego podtrzymaniem nadziei.
W apelu wygłoszonym 27 sierpnia 1939 r. ordynariusz łódzki zachęcał do obrony ojczyzny i wiary. Kolejne przemówienie do mieszkańców Łodzi bp Jasiński wygłosił w miejscowej rozgłośni Polskiego Radia 5 września 1939 r., a więc już po ewakuacji cywilnych władz miasta.
„…zostać z ludem, nieść mu siłę i dawać przykład”
Ewakuacja Łodzi rozpoczęła się z 4 na 5 września, a już następnej nocy miasto opuścili wojewoda Henryk Józewski oraz prezydent Jan Kwapiński. W mieście pozostali – pomimo próśb wojewody – biskupi łódzcy z ordynariuszem diecezji bp. Jasińskim na czele, który zaapelował o to, by księża pozostali na swoich miejscach pracy. Biskup sufragan diecezji łódzkiej Kazimierz Tomczak podczas spotkania z pracownikami kurii podkreślił, że „powołaniem naszym jest zostać z ludem, nieść mu siłę i dawać przykład”. Potwierdzenie tych słów odnajdujemy w postawie biskupów łódzkich – bp Jasiński stanął na czele Okręgowego Łódzkiego Komitetu Społecznego Niesienia Pomocy Żołnierzom i ich Rodzinom, zaś bp Tomczak został wybrany na przewodniczącego Komitetu Obywatelskiego, który powołano 6 września 1939 r. Funkcjonował on jedynie do końca października 1939 r., z uwagi na aresztowanie 9 listopada bp. Tomczaka.
Osadzony początkowo w więzieniu przy ul. Sterlinga w Łodzi, a następnie w fabrykach Glazera i Abbego na Radogoszczu wraz z pięćdziesięcioma trzema księżmi, bp Tomczak był poniżany psychicznie i fizycznie przez okupanta niemieckiego w trakcie pobytu w obozie. Do obowiązków biskupa należały takie same czynności, jak u innych więźniów. Zmuszany był do wykonywania wszelkiego rodzaju prac – sprzątania wartowni, mycia naczyń, trzepania koców. Praktyką dnia codziennego było upokarzanie publiczne, chociażby poprzez zlecanie czyszczenia dołów kloacznych. Fekalia wybierano zwykłymi blaszanymi bądź drewnianymi czerpakami, następnie dwóch więźniów – zazwyczaj kapłan i Żyd – wynosili beczkę z nieczystościami poza obóz. Tego rodzaju pracę najczęściej organizowano w niedzielę w południe, a więc wtedy, gdy w Kościołach katolickich odbywało się główne nabożeństwo. Te wyjątkowo poniżające czynności kazano wykonywać bp. Tomczakowi, co miało dodatkowo upokarzać pozostałych księży. Na początku grudnia 1939 r. zwolniono część kapłanów, wśród których znalazł się bp Tomczak. Pozostałych wypuszczono w styczniu 1940 r.
Postawa biskupów łódzkich w pierwszych miesiącach okupacji niemieckiej miała przełożenie na fakt, iż władze okupacyjne pomimo represji zastosowanych wobec Kościoła katolickiego utrzymywały kontakty z łódzką kurią biskupią. Pozwoliło to bp. Jasińskiemu prowadzić działalność administracyjną na terenie całej diecezji łódzkiej: mianować i przenosić proboszczów, administratorów czy wikariuszy (do końca 1939 r. dokonał 60 zmian personalnych). Ordynariusz podejmował również próby interwencji u władz okupacyjnych w przypadku konfiskaty mienia kościelnego. Zarówno łódzka kuria biskupia, jak i bp Jasiński dokładali wszelkich starań, aby nabożeństwa w kościołach odbywały się w języku polskim. Represje zastosowane przez władze niemieckie ograniczały Polakom możliwość korzystania z praktyk religijnych. Wobec zaostrzającej się polityki władz okupacyjnych w stosunku do Kościoła katolickiego i w związku z ograniczaniem dostępu do nabożeństw i sakramentów świętych bp Jasiński wydał zezwolenie na odprawianie mszy św. w prywatnych domach. Zdecydowany sprzeciw ze strony ordynariusza łódzkiego wywołało rozporządzenie z października 1939 r., wprowadzające rozdzielenie Kościoła katolickiego na terenie Kraju Warty ze względu na przynależność narodowościową. Rozdzielono wówczas nabożeństwa dla niemieckich i polskich katolików. Księża pochodzenia polskiego nie mogli prowadzić posługi wobec ludności niemieckiej i odwrotnie. Władze niemieckie wyznaczyły osobne budynki kościelne dla Polaków i Niemców.
Zdecydowany sprzeciw ze strony ordynariusza łódzkiego wywołało rozporządzenie z października 1939 r., wprowadzające rozdzielenie Kościoła katolickiego na terenie Kraju Warty ze względu na przynależność narodowościową.
„Ze względu na bezpieczeństwo policyjne”
Działalność administracyjno-duszpasterska biskupów łódzkich przerwana została w maju 1941 r., kiedy to władze niemieckie przystąpiły do całkowitej likwidacji diecezji łódzkiej. Biskup Jasiński wraz z bp. Tomczakiem oraz siedmioma duchownymi zostali internowani 6 maja 1941 r. na terenie Szczawina, później zaś osadzeni w leżącym na terenie Generalnego Gubernatorstwa klasztorze w Bieczu k. Jasła. Chęć całkowitego zdezorganizowania działalności Kościoła katolickiego w diecezji łódzkiej, a także fakt, iż bp Jasiński uchodził w oczach Niemców za moralnego przywódcę oporu ludności cywilnej, to główne przyczyny odosobnienia łódzkiego ordynariusza.
Pomimo izolacji w Bieczu bp Jasiński nadal sprawował nadzór nad diecezją przez księży kurierów, a także jako jedyny ordynariusz na terenie Kraju Warty utrzymywał łączność ze Stolicą Apostolską, informując o sytuacji Kościoła katolickiego w diecezji łódzkiej oraz diecezjach włocławskiej i płockiej.
Wobec zaostrzającej się polityki władz okupacyjnych w stosunku do Kościoła katolickiego i w związku z ograniczaniem dostępu do nabożeństw i sakramentów świętych bp Jasiński wydał zezwolenie na odprawianie mszy św. w prywatnych domach.
Nuncjusz apostolski w Berlinie kard. Orsenigo 4 grudnia 1941 r. skierował zdecydowany protest do Ministra Spraw Zagranicznych Rzeszy Niemieckiej. Z noty niemieckiego MSZ z 23 lutego 1942 r. dowiadujemy się, że internowanie biskupów łódzkich nastąpiło „ze względu na bezpieczeństwo policyjne”. Z kolei podczas rozmowy wyjaśniono w cztery oczy, że biskupi Jasiński i Tomczak w pierwszych dniach września nawoływali ludność cywilną do oporu wobec wojsk niemieckich. Biskup Jasiński został internowany jako ostatni polski ordynariusz diecezji wcielonej do Rzeszy. W czasie internowania w Bieczu utrzymywał kontakty ze Stolicą Apostolską za pośrednictwem nuncjusza apostolskiego w Berlinie, kard. Orsenigo, miał też przez stałego kuriera łączność z kard. Maglione. Miało to niewątpliwie wpływ na likwidację diecezji, czego dowiadujemy się ze sprawozdania z działalności Gestapo za okres od 1 października 1940 do 9 września 1941 r.
„Dzięki ewakuacji biskupa udało się zlikwidować władze kościoła polsko-katolickiego, zaś polski Kościół katolicki w rejencji łódzkiej został pozbawiony poczucia jedności i brakowało mu spójnego związku”.
Akcja dyplomatyczna, jaką prowadziła Stolica Apostolska w celu uwolnienia biskupów łódzkich, nie przyniosła rezultatu. Biskupi Jasiński oraz Tomczak wraz z pozostałymi internowanymi osobami opuścili Biecz latem 1944 r. w związku ze zbliżaniem się wojsk sowieckich.